小麦茎基腐病、纹枯病、根腐病属于土传病害，大量秸秆直接还田后浅旋耕层浅，病原菌逐年积累，是造成土传病害发生的主要原因；小麦玉米连作种植模式形成周年关联侵染链条；苗期土壤湿度大加速侵染危害；小麦灌浆期田间干旱加速病害显症。
特别是小麦茎基腐病，近年来部分区域有重发趋势。侵染高峰在秋苗期，扩展高峰在拔节期，显症高峰在灌浆期，对亩穗数、穗粒数及千粒重均有影响，前期发生隐蔽不容易发现，后期出现枯白穗，一般造成减产20-70%，甚至绝收。
小麦病害防治，播种期和苗期是防控的两个关键时期，一定要把握好时间节点，采取有力措施，综合施策，多措并举，才能达到理想的防效，单一防控措施不明显。
一是深耕深翻土壤，压低病菌基数。玉米收获后深耕深翻土壤达25厘米以上，秸秆能充分腐熟，大部分病菌随之死亡，每2-3年深翻一次即可。
二是适期晚播，减轻年前侵染几率。小麦播种深度3-4厘米为宜，适时镇压。
三是药剂包衣，减少病虫基数。选用含咯菌腈、戊唑醇、苯醚甲环唑等有效成分含量足的种衣剂进行包衣（拌种）是预防小麦茎基腐病的关键措施，否则起不到应有的预防作用。可选27%苯醚·咯·噻虫种衣剂200-600毫升/100公斤种子，或8%苯醚甲环唑·噻虫嗪种子处理悬浮剂1800-3000毫升/100公斤种子，或27.2%氟环菌·咯菌腈·噻虫嗪种子处理悬浮剂200-400毫升/100公斤种子，既防茎基腐病、根腐病等土传病害，又防治金针虫等地下害虫，同时压低蚜虫基数，有效减少小麦生长期用药次数。
四是早春返青期杀菌剂喷药，抑制蔓延。返青期是预防土传病害的最后一次机会，一旦拔节，再防已无效果。可选18.7%丙环唑·嘧菌酯悬浮剂50-60毫升/亩，或17%唑醚·氟环唑悬乳剂30-40毫升/亩，或200克/升氟唑菌酰羟胺悬浮剂50-60毫升/亩，或48%氰烯•戊唑醇悬浮剂40-60毫升/亩，任选一种对水60-70公斤顺麦垄均匀喷灌小麦根茎部；也可以选用咯菌腈、精甲霜灵、噻虫嗪等单成分的包衣剂进行处理。
五是轮作换茬，切断病菌传播链条。对常发重发区域最好采取轮作换茬，小麦可与大蒜、圆葱等作物轮作，夏玉米可与大豆、棉花、绿豆、辣椒换茬，或秸秆打捆离田。
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