1.高脚菇菌盖小，分化较差，菇柄较长。发生的原因是原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同时温度偏高，影响了菌盖的正常分化和发育。防治方法：加强通风，调节光照和温度。
2.瘤盖菇菌盖表现，是边缘有许多颗粒状突起、色浅，菇盖僵硬，生长迟缓，菇盖分化较差，形状不规则，原因是菇体发育温度过低，持续时间较长，致使内外层细胞生长失调。防治方法：调节菇房温度在平菇生长最低温界限以上，并有一定温差，促进菇体生长、发育、分化。
3.菜花菇菇形像菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。后期有多分枝。原因是出菇前或出菇期间菇床或菇房喷洒了高浓度的农药。菇房含有有害气体：二氧化碳、二氧化硫等。防治方法：菇房慎用农药，使用时浓度不可过高。出菇期不允许使用敌敌畏，加强通风换气排出有害气体。
4.萎缩菇菇体在膨大期即泛黄、水肿状或干缩状，而停止生长，最后变软腐烂。水肿状原因是湿度过大或有较多的水直接喷在幼小菇体上。干缩状是因为空气相对湿度较小，通风过强。防治措施：控制湿度在80%～85%之间，不要向幼小菇体上喷水，不让风直接吹在菇体上。合理配比培养料成分。少数萎缩菇是由于菌种退化，症状是菌盖尚未长足够大即反卷、发黄、萎缩。防治方法：选用优良品种。
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