1.微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样可以避免阳光中的紫外线将微生物杀死。
2.微生物肥料应避免高温干旱条件下使用。要结合盖土浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射，或因水分不足而难以发挥作用。
4.微生物肥料不能长期泡在水中，在水田施用应干湿灌溉，促进生物菌活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。
5.微生物肥料可以单独适用，也可以与其他肥料混合使用，但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响肥效。
6.微生物肥料应避免与农药同时使用，不能用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。微生物肥效不宜久放，拆包后要及时使用，一次用完。
7.避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物菌群，而不是提供矿物质营养养分，微生物肥料不可能完全替代化肥。(北农)
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