贮藏生姜多采取地窖贮存和冷库贮存两种办法。不少姜农建有自己的姜窖，主要形式有土井、土窖、山洞、砖窖。为防止病菌侵染，首先应对生姜进行严格的挑选，凡用于贮藏的生姜应选择大小整齐、质量好、无病害的健壮姜块，剔除受冻、受伤、干瘪、有病和受雨淋的姜块。贮藏初期因姜块呼吸旺盛，窖内温度较高，不要马上将窖口完全封闭，要保持一个阶段的通风。
霉菌病致使生姜表面产生一层黑斑块或烂皮，在块茎受伤、环境适宜的情况下特别容易发生。随着病情的发展，白霉菌和黑霉菌逐渐向块茎内渗透。防治方法：提前搞好贮藏窖的消毒，目前常用的消毒方法是烟熏和窖内撒施一定量的生石灰两种方法，简单易行，效果都很好。
生姜虫害主要是异型眼蕈蚊。调查发现，因广大农户在收获生姜时比较匆忙，姜块表面残留的部分泥土可能携带异型眼蕈蚊，另外，生姜入窖的方式落后，贮藏生姜的处理方式简单，使得井窖中异型眼蕈蚊的发生较重。在井窖中，由于其常年温度都在15℃-20℃，适宜于异型眼蕈蚊的发生。其幼虫蛀咬姜块，进而导致患部腐烂，失去商品价值。防治方法：首先要做到在田间及时发现并铲除受异型眼蕈蚊为害的植株，避免收获时将其带入井窖；二是提前做好井窖的清洁和喷洒消毒工作。可用1.8%阿维菌素乳油兑水15公斤，均匀喷洒在井窖内的细沙及墙壁上，湿润即可。另外还要注意姜块的入窖排列方式，以一层姜一层细沙为宜。三是待姜块入窖完毕后，要封死窖口，防止成虫飞入产卵。
另外，生姜贮藏期间要防止冷害。贮藏期间由于冷热不均，通风不当，冷空气突然进入贮藏室，易使生姜受冻。受冷害后的生姜易出水，很快就变质腐烂。方法：注意天气的变化，加强防冻保暖措施。最低气温下降到8℃左右时，在姜窖上面盖草苫进行保温，开始盖5-7厘米厚，以后随温度的下降逐渐加厚，最后盖上泥土，保证生姜安然过冬。
