目前，病虫害已成为保护地蔬菜生产的重要障碍，在防治工作中，综合运用农业、生态、物理、生物及化学等防治手段，才能切实控制。
1.农业防治①及时清园、晒土及土壤消毒。通过日光暴晒消灭在土壤中越冬的虫卵。土壤消毒重点是苗床，可用电热消毒，即用电热线温床育苗时，播种前升温到55℃，处理2小时；使用甲醛、棉隆(必速灭)、福美双、多菌灵等药剂处理。大面积土壤消毒最好是在高温季节，棚室拉秧后利用日照消毒。②尽量选用抗病虫蔬菜品种。应根据当地的生态条件，针对性的选用抗病虫品种，发挥抗病虫品种的作用。如番茄品种双抗2号可抗叶霉病，毛粉802可抗蚜虫，黄瓜品种中较抗白粉病的有津研2号、4号和6号，津春4号可兼抗枯萎病、霜霉病和白粉病。③搞好种子处理。种子处理的方法有干热处理、温汤浸种、药剂浸种、药剂拌种等。如防治番茄早疫病，茄子褐纹病可用0.3%高锰酸钾溶液浸种20～30分钟或用退菌特600倍液浸种20～30分钟，捞出后用温水冲洗5～6次。④科学合理的耕作制度。如实行用地与养地的综合体系，合理轮作、间作、套作。长期连作会导致作物产生自毒作用,如黄瓜、豌豆、大豆、番茄自毒作用较强，一般连作易引起土传病害加重。轮作时禁止相同科、属的作物轮作，协调用地与养地的关系。大蒜、小葱根系分泌物质具有杀菌作用，可在休闲期种植小葱、大蒜。⑤培育壮苗，减轻病虫危害。采取的措施有：异地或客地育苗。护根育苗，可采用营养钵、穴盘、营养土育苗等。加强苗期管理，提高幼苗的抗病抗虫能力，移栽时淘汰弱病苗，保证壮苗定植。⑥推广嫁接防病技术。嫁接育苗主要是预防土传病害，增强植株的长势，提高抗寒、抗旱能力。如用黑子南瓜等做砧木嫁接，防治黄瓜枯萎病；用葫芦、超丰F1等做砧木嫁接西瓜，防治枯萎病；用云南野茄、山西野茄等做砧木嫁接，防治茄子黄萎病。
2.生态防治合理调控设施环境，使之不利于病害的生长，有利于蔬菜的生长从而达到防病高产的目的。①保护地土壤温湿度和空气湿度调控。利用保护地的特殊环境，采用放风、闭棚等措施来调控温湿度。覆盖地膜，加强通风可提高土壤湿度，降低空气湿度。加上充足的光照、科学的通风透气等措施，不打药或少打药就可控制多种病害发生为害。如高温杀菌抑菌，黄瓜棚变温管理，可控制霜霉病蔓延等。②保护地内气体调控。保护地蔬菜有机肥不足时，可施二氧化碳肥。在中午气温较高时应打开通风口使空气流通,把保护地内的有毒气体如氨气、乙烯、二氧化硫等放出去。③光照的调控。根据作物生长的不同时期，适时揭棚进行光照调控。
3.物理防治①利用温度如温汤浸种、高温土壤消毒等措施。如用50～55℃温水进行温烫浸种10～20分钟,可杀死粘附在种子表面的病菌。②根据害虫具有特殊的趋性诱杀害虫。如用黄板诱杀粉虱、斑潜蝇和蚜虫等。③人工捕杀。在田间农事操作时发现蔬菜上害虫所产的卵及刚孵化的幼虫应及时摘除。
4.生物防治包括保护利用自然天敌，人工养殖释放天敌，从外地引种利用及施用生物制剂等。目前比较成功的生防技术较多，如释放丽蚜小蜂防治温室白粉虱，广眼蜂防治棉铃虫、菜青虫等害虫；用Bt乳剂、青虫菌等防治各类鳞翅目幼虫；阿维菌素防治各种害螨、斑潜蝇、小菜蛾、菜青虫等害虫；用农抗120防治各种蔬菜白粉病、炭疽病、西瓜枯萎病；用83增抗剂防治茄果类蔬菜病毒等。
5.化学防治由于在保护地蔬菜上病虫害种类多、为害重，化学农药使用量大，如果用药不合理，不仅影响防治效果，而且增加蔬菜上的农药残留，危及消费者的身体健康。冬春季保护地使用化学农药应注意以下几点：
(1)选用高效低毒低残留的农药品种，严禁在蔬菜上使用剧毒、高毒高残留农药。
(2)根据保护地蔬菜病虫害发生情况尽量少用药或不用药。常用于防治灰霉病、白粉病、炭疽病的托布津和防治锈病、霜霉病和叶斑病的百菌清，整个生育期最多用药次数不超过3次，最后1次用药时间距采收应大于15天。用于防治害虫的敌百虫、辛硫磷和溴氰菊酯等农药,全生育期最多用药次数也不能超过3次，最后1次用药时间距采收应大于7天。
(3)掌握科学的施药技术。加强保护地病虫情况调查，掌握病虫发生动态，适时防治，切忌盲目打药。正确掌握农药使用剂量和浓度，注意轮换、交替用药，防止单一使用一种农药，避免病虫产生抗药性。推广应用烟剂、粉尘剂等高效剂型。
(4)大力推广应用生物农药。保护地蔬菜病虫害防治中常用的生物农药有爱福丁、蔬丹、1%吡虫啉灭虫签、苏云金芽孢杆菌(Bt)制剂千胜，1.5%苏丹可湿性粉剂750、1000倍液，0.9%阿维菌素乳油3000倍液，环业三号可湿性粉剂250、500倍液等。
