棉花立枯病俗称棉花黑根病、烂根、腰折病。主要为害棉苗。侵染幼茎茎基部初现纵褐条纹，条件适宜时迅速扩展绕茎一周，缢缩变细，出现茎基腐或根腐。棉苗失水较快，一般不倒伏。死苗易从土中拔除，基部或根系上可见稀疏的丝状物及粘附在其上的小土粒。侵染种子引起烂种或烂芽，病种子多呈褐色软腐状，挤压时流出黄褐色粘液。侵染子叶及幼嫩真叶形成不规则褐色坏死斑，后干枯穿孔。湿度大时病部可见稀疏白色菌丝体，并有褐色的小菌核粘附其上。
棉苗炭疽病苗期、成株期均可以染病。苗期染病：发芽后出苗前受害可造成烂种；出苗后茎基部发生红褐色纵裂条斑，扩展缢缩造成幼苗死亡。潮湿时病斑上产生橘红色粘状物（病菌分生孢子）。子叶边缘出现圆或半圆形黄褐斑，后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。
棉苗红腐病我国各棉区均有发生，长江流域、黄河流域棉区受害重，辽河流域也有发生。苗期、铃期均可染病。苗期染病在幼芽出土前受害，芽变为红褐色腐烂。出土后受害棉苗根部的根尖、侧根变黄，后变黑褐色腐烂。幼茎染病导管变为暗褐色，近地面的幼茎基部出现黄色条斑，后变褐腐烂，幼根、幼茎肿胀，子叶，真叶边缘产生灰红色不规则斑，湿度大时其上面产生粉红色霉层。
棉花黑根腐病苗期、成株期均可发病。苗期染病根系表皮、皮层受侵染后变褐，常延至下胚轴，根茎部肿胀，茎秆弯曲，植株矮小，茎部的病斑扩展后致表皮开裂，现长条形或梭形浅绿色病斑，后变成暗紫色至黑色，病株很易拔出，但维管束不变色。成株染病时顶叶下垂，叶色淡，叶凋萎但不脱落，根茎基部膨大，根茎腐烂，茎秆弯曲，中柱变为褐色至黑紫色，结铃少或不结铃。有的突然失水萎焉。最后植株干枯死亡。
棉花轮纹病又称黑斑病。主要发生在1-2片真叶期，为害子叶和真叶。子叶染病主要表现在子叶未展开的粘结或夹壳损伤处生出墨绿色霉层。子叶展平后染病，初生红褐色小圆斑，后扩展成不规则形至近圆形褐色斑，有的出现不明显的轮纹。湿度大时，病斑上长出墨绿色霉层，严重的每张叶片上病斑多至数十个，造成子叶枯焦脱落。真叶染病与子叶上症状相似，但病斑较大，四周有紫红色病变。受伤时染病，病斑形状不规则，枯斑四周不见紫红色边缘。幼苗茎部或叶柄染病主要是产生长椭圆形褐色凹陷斑，造成叶片凋落，苗干枯而死。
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