在番茄生长过程中，会出现各种病虫害，菜农应坚持预防为主的无害化控制原则，将各种病虫害控制在萌芽状态。
一、育苗期
1.选用抗病品种。应选用对低温适应能力强及抗病的优良品种。
2.种子消毒。把番茄种子放入55℃热水中，维持水温浸泡15分钟后，把水温迅速降到30℃左右，可以预防番茄叶霉病、溃疡病及早疫病。
3.培育壮苗。采用营养钵无病土育苗，或者用苗根康处理苗床，有效降低土传病害，提高幼苗抗性。
二、定植期
1.设置防虫网。定植前15-20天盖棚膜，并在通风口及出入口安装50-60目防虫网，可有效阻止害虫迁入棚室。
2.配方施肥。重施有机肥，增施磷、钾肥，补施微肥。每亩施腐熟有机肥4000-5000公斤、磷肥80-100公斤、硫酸钾15-20公斤，锌肥、硼肥各1公斤。
3.土壤处理。用枯萎必治1+1在铺膜前土壤喷施，改善土壤结构，防治土传病害。
4.地膜覆盖栽培。地膜全田覆盖栽培，膜下暗灌，降低棚内空气湿度，能有效减轻病害发生。
三、生长期
1.张挂反光幕。冬季低温来临前，在日光温室北墙张挂高1.5-2米的镀铝反光幕，具有增光提温作用。
2.实施变温管理。即晴天上午晚放风，使棚室温度迅速升到33℃时，开始放顶风，降低灰霉病、晚疫病等病菌的产孢量。当温度在25℃以上时中午继续放风，下午棚室温度保持20℃-25℃，20℃时开始闭风，使白天棚内温度以20℃-33℃、夜间15℃-20℃为宜。阴天也要进行短期通风排湿，创造有利于番茄生长而不利于病害发生的生态条件，达到生态控病的目的。
3.黄板诱杀。根据斑潜蝇、温室白粉虱、蚜虫等害虫趋黄性的习性，在每个标准棚(50米×8米)内悬挂30厘米×40厘米黄板20-25张，并涂上凡士林或黄油。黄板的悬挂高度以其下缘略高于番茄植株的生长点，定期消除其上诱集的虫尸，可使虫口降低50%以上。
4.高温控病。当田间灰霉病、叶霉病、晚疫病等发生较重难以控制时，可采用药后短时间闷棚升温抑菌技术，即选择晴天中午闭棚，高温闷棚2小时，温度控制在36℃-40℃，不超过40℃，隔10天1次，连续2-3次，能明显抑制病菌生长，控制病害发展与蔓延。
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