(1)白腐病：病原菌为草疣孢霉菌，该菌危害子实体，菇体污染后，引起馈烂，产生腐败臭味。
(2)褐斑病：病原菌为菌生轮枝霉，其孢子侵染平菇子实体后，先在菌盖上形成褐色班点，逐渐扩大并产生灰白色凹陷，菇体受害后，变成畸形，菇柄肿大或呈弯曲状，但不腐烂，最后干枯死亡。
(3)毛霉软腐病：病原菌为毛霉菌。一般发生于子实体充分成熟后未及时采收，而菇房又处于高温湿条件或床面较长时间有积水的环境下，发病的子实体呈淡黄色或浅褐色的水渍状软腐，一般从菌柄基部开始产生，最后导致整个子实体呈水渍状软腐，表面粘滑，无腐臭气味。
(4)平菇畸形病：它属于生理性病害。在通气不良、二氧碳浓度大或光照不足的情况下发生，子实体分化后发育不良，常出现菇脚长，菌盖小甚至无菌盖，或出现“V”形菇。其次也有病毒引起的畸形，其菌柄肿胀呈近球形式烧瓶形，最后菇体萎缩，呈海绵状，出现死亡。
(5)幼菇萎缩干枯病：为生理性缺水和空气相对湿过低引起。幼菇生长瘦弱，从顶向下萎缩枯死，子实体呈皱干瘪状。
