藕田的基地施用量应根据土壤肥瘦而定，一般每亩施人、畜粪肥或厩肥1500-2500千克，或绿肥3000-3500千克。多施堆厩肥可以减少藕身附着的红色锈斑，提高品质。深水藕田易缺磷，除了施足有机肥外，还应撒施过磷酸钙30-40千克做基肥。
莲藕生育期长一般追肥2-3次。第一次在立叶开始出现时进行，中耕除草后，每亩施入人粪尿肥750-1000千克。第二次追肥在立叶已有5-6片时进行，每亩施入人粪尿肥1000千克左右。第三次追肥在终止叶出现时进行，这时结藕开始，称为追藕肥。每亩施人粪尿肥1500千克，饼肥30-50千克。施肥应选择晴朗无风无气，避免在烈日的中午进行。每次施肥前放掉水，以便肥料吸入水中，然后再灌水而原来的深度。在深水藕田中，肥料易流失，不能直接施用液化肥料，应施用固体肥料。即重施厩肥或青草绿肥，并埋入泥中。追肥用化肥时，首先将化肥与河泥充分混合，做成肥泥团，再施入藕田。
浅水藕连茬5年左右后，由于土壤透气条件较差，铜、铁、锌等微量元素难以满足藕的生长需要，加这施用有机肥偏少，氮肥追施偏多，极易诱发生理病害。该生理病害始发于5月上中旬，发病高峰期一般在7-8月份高熳季节。初发病时，新生叶片刚出水面就呈轻微萎蔫状，叶脉渐失绿变淡，叶片边缘生褐色斑点，并逐渐扩大至整个叶片枯死。防治方法主要有：①连作3-4年后耕翻1次，这是控制生理病害的根本途径。②增施有机肥，控制氮肥用量。③在4月底藕田只有薄水时，每667平方米用硫酸铜1-1.5千克、硫酸亚铁2-2.5千克、钙镁磷肥25-30千克捆干细土撒篱。
