肥料施入土壤后均产生阴离子和阳离子，当植物吸收阳离子多于阴离子时，使土壤呈现酸性的肥料叫作生理酸性肥料；当植物吸收阴离子多于阳离子时，使土壤呈现碱性的肥料叫作生理碱性肥料；当植物吸收的阴阳离子数量相当时，土壤不会明显残留某些离子，对土壤酸碱度没有影响，就称之为生理中性肥料。
土壤酸碱度有何影响土壤的酸碱度可直接影响土壤中养分的有效性，还可以影响微生物活性，间接影响土壤养分利用和周转。在酸性土壤中，有效磷易与铁、铝形成磷酸铁、磷酸铝而降低有效性。土壤中的交换性钾、钙、镁等易被氢离子置换，易随水流失。在碱性土壤中，磷易与钙结合，生成难溶性磷酸钙盐类，会降低磷的有效性，许多微量元素如硼、锰、钼的有效性也会大大降低，导致作物出现缺素现象，发生生理性病害。
酸碱性肥料如何使用根据土壤的酸碱性和作物对酸碱度的敏感程度选择化肥的种类。苜蓿、向日葵、甜菜等较耐碱；而燕麦、荞麦、马铃薯、甘薯等则较耐酸。养分通常在中性条件下有效性最高，因此要遵循在碱性土壤施用酸性肥料，酸性土壤施用碱性肥料的规律。
酸性土壤应该选用生理碱性肥料，如硝酸钠、硝酸钾、硝基复合肥，同时配合使用有机肥和石灰，减少土壤酸化影响的效果最好；碱性土壤应选用生理酸性肥料，如硫酸铵、氯化铵等，但是对于盐碱地不宜施用氯化铵和硝酸钠，以避免钠离子和氯离子过多造成的危害。
