保护地韭菜生产最关键的时期就是扣棚前后的管理。其管理要点如下：
一、扣棚前的管理
1、扣膜时间：这一茬口的韭菜，适期扣膜非常重要，扣膜过早，生长迅速，但容易早衰，影响产量；扣膜过晚会使韭菜转入被动休眠，导致扣膜后生长缓慢。合理的扣膜时间应根据韭菜的“回根”期和预计上市时间而定，为了保证提早上市，在回根以后及时扣膜，一般在11月中下旬左右。注意如果没有“回根”特性的品种可以提前到11月上旬扣膜。
2、扣棚前的准备：扣棚前一定要把地上部的秸秆、死叶、杂草等全部清理干净，尤其是今年在雪比较大的时候，要把积雪全部清除，不能让积雪融化到韭菜畦中，以减少韭畦内潜伏的有害病原，降低发病程度。
二、扣棚后的管理
1、温度管理初期温度不能过高，应该逐步升高，通过中耕培土提高地温和增加假茎高度。白天温度控制在18～26℃，夜间8～12℃，最低不能低于5℃。韭菜在高温高湿的环境条件下易徒长烂尖，诱发灰霉病，超过26℃必须放风排湿，因此在温度管理上要防止温差过大。
2、湿度管理通风换气是调节室内温、湿度，排除有害气体，以利韭菜生长的重要措施之一，还可以提高韭菜品质，减少病害发生。头刀韭菜收获前4～5d适当通风，收割后闷棚升温，利于韭菜伤口愈合。韭叶长至9～12cm时，超过26℃就要通风，使湿度控制在80%以下，防止灰霉病发生。
3、肥水管理(1)扣棚后待土壤化冻，在韭菜行间连续划锄2-3次。要进行培土1-2次以防多年生韭菜跳根而引起新根外露。每一刀韭菜培土软化应随植株生长分批次进行，将行间表土培于株丛根际周围。(2)肥水和灌水是韭菜生长的物质基础。一般在扣棚前结合灌冬水进行追肥，扣棚后收第二刀韭菜前不浇水追肥。扣棚前如肥水不足，植株长势弱，在收第一刀后，应适量追肥和浇水，浇水时随水冲施速效氮肥20—30斤/亩，同时为了减少韭菜黄叶干尖现象，在追肥时加入瑞培乐100克/亩，补充各种微量元素，提高品质。每次浇水后要及时中耕，并通风排湿，降低棚内的空气湿度并排除氨气危害。
4、韭菜的虫害扣膜后危害韭菜的虫害主要是韭蛆。防治韭蛆，传统的方法是在浇水时随水灌有机磷类的药剂，为了减少农药残留，防治韭蛆可以在扣棚土壤化冻后，喷施75%的灭蝇胺，每亩地150—200克，兑水90斤着重于韭菜根部喷雾，对韭蛆有很好的防效。
5、病害防治主要是韭菜灰霉病和疫病。(1)灰霉病主要症状为病叶有白色或灰白色小点，逐渐叶尖向下发展成椭圆形灰褐斑，干燥时叶片枯焦，散发霉味。防治措施：选用抗病品种；加强田间管理，预防低温高湿；掌握收割时间，在低温无露的条件下收割。药剂防治可以喷施50%扑海因悬浮剂600倍液，或用40%施佳乐600倍液，或果多鲜1500倍液。(2)疫病防治措施：最好的药剂为银法利600倍液，其次为霉多克800倍液，普力克600倍液等。
