柠檬常见的病害是树脂病、疮痂病、溃疡病，冬季休眠期可喷石硫合剂防病，生长期喷代森锰锌、甲基硫菌灵、托布津、多菌灵，喷药次数根据病情而定，新梢抽长到4-5厘米时喷用春雷王铜防治溃疡病，出现虫害的话，可选用螺虫毒死蜱，硫磺悬浮剂剂作叶面喷雾。
柠檬种植中常见病害
1、树脂病：在柠檬主干或主枝分叉处的树皮上会分泌黏液，下陷，组织松软，叶片、嫩梢和幼果也会受到影响，表面产生黑褐色突起小点，之后慢慢的扩大呈沙粒状。
2、疮痂病：新梢、幼叶、幼果、叶片受害状出现油渍形小黄，叶面凹陷，严重时树梢变短，叶子会干枯，果实出现许多瘤状突起。
3、溃疡病：病叶背面出现淡黄色油渍斑点，后扩大呈圆形斑，周围有黄色晕环和暗褐色油渍，情况严重的话，叶子会干枯、掉落。
栽培柠檬主要虫害
1、蚧壳虫：蚧壳虫的颜色有红褐色、白色、黑色等，常见的形状有圆形、点形、棉花形状等，主要集中在叶背、果实表面吸汁，还会传染病毒，煤烟病比较严重。
2、蚜虫粉虱：集中分布在叶背，会吸食里面的汁液，导致叶子不能正常生长，蚜虫常见颜色为深绿色、黑色，情况严重的时候，常有蚂蚁出现和煤烟病发生，影响果实的品质以及产量。
柠檬病虫害防治
1、树脂病：冬季休眠期可喷石硫合剂防病，生长期喷代森锰锌可湿性粉剂、过氧乙酸或甲基硫菌灵可湿性粉剂、混配杀虫剂敌百虫、毒死蜱，可防虫害造成伤口。
2、疮痂病：在谢花后期或发病初期，喷百菌清可、托布津、多菌灵，喷药次数根据病情而定，一般7天左右喷1次。
3、溃疡病：可以尽早的喷药，在新梢抽长到4-5厘米时喷用春雷王铜，枯草地衣芽孢杆菌，防治效果较好。
4、蚧壳虫：注意虫害发生初期防治，在每年的3—5月预防最好，可选用螺虫毒死蜱，硫磺悬浮剂剂作叶面喷雾。
5、蚜虫粉虱：柠檬出现蚜虫粉虱的话，可以尽早喷药防治，在蚜虫、粉虱发生时可选用吡虫啉、啶虫咪防治。
