越冬棚室黄瓜最容易发生白粉病和蔓枯病，是外界条件和黄瓜生育期决定了这两种发病种类。秋后冬前，我国北方地区因棚室白天温度高，放风时间较长，空气湿度小；而晚上往往因温度下降，棚中空气湿度会随着升高，常造成一昼夜间空气湿度高低周期性变化，这种干湿交替变化的环境条件，恰恰是黄瓜白粉病和蔓枯病所需要的，适于这两种病的发生发展。而黄瓜越冬栽培，冬前正处于苗子定植后的团棵期，其子叶尚未完全干枯，上边所携带的病害，白粉、蔓枯、霜霉菌等最易就近向叶片传播，尤以白粉菌和蔓枯病最为常见。
白粉病发生时，在子叶或叶面生出白色粉斑，严重时整个叶片被白粉覆盖，使长势变弱，影响生长发育和产量。棚室黄瓜进入严寒的冬季，因棚中夜间常常湿度极高，叶片上多会结露，白粉菌孢子遇到高湿尤其是遇到水，就膨胀死亡。所以棚室黄瓜的白粉病进入深冬会不治而愈，故而防治时间重点是定植后至严冬之前。
蔓枯病发生时，往往先在子叶上发生，病斑呈褐色，上面着生很多小黑点，生成孢子，再把孢子传到真叶上，使叶子发生由边缘或中间入侵的褐斑，大的可达2—3厘米，使叶子变黄衰老；也能在近地面处为害茎基部，生白黄色长条斑，流出褐红色胶状物，后期病部腐烂、纵裂，上部枯死。
防治这两种病害，首先是消除传染源。应在黄瓜定植后人工剪除带病的子叶。黄瓜子叶营养丰富，待真叶变大时生命力变弱，种皮上的各种病害多先在此发生发展。真叶长大时子叶向植株供应储存营养的任务已完成，继续留着已无用，更重要的是，这些子叶是白粉、蔓枯等病害最先染病的地方，由此产生的病斑会产生大量的病菌孢子，向周围传播，使黄瓜叶片和茎等处发病。所以定植后及时剪除子叶，即可消除这两种病的传染“根据地”，使黄瓜免受其害。剪除时间以移栽时为好，黄瓜苗只要有两片较大的真叶即可剪除子叶。从防病角度看早剪比晚剪好，但不能早于两叶一心时期，以免剪除过早，子叶功能不能充分发挥。剪除子叶时，要动作轻微，力避震动，并先收集在碗等器皿中，后拿出棚外，埋于土下。
其次是喷药防治。为防治白粉病可喷用30％氟菌唑2000倍液或10％苯醚甲环唑（世高）3000倍；防治蔓枯病可喷用百菌清600倍液或25％咪酰胺1500倍液。如果这两种病害一起防治，则可以用氟菌唑2000倍或世高3000倍混加百菌清600倍一块喷用。
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