消毒的目的是杀死病原微生物。不同的地方、不同的设施设备，要采用不同的消毒方法。
1 火焰消毒法
待鸡舍墙壁、地面通风干燥后，对鸡舍的墙壁、地面、笼具等不怕燃烧的物品，对残存的羽毛、皮屑和粪便，可进行火焰消毒。注意不要与可燃或受热易变形的设备接触，要求均匀并有一定的停留时间。
2 药液浸泡或喷雾消毒
用百毒杀等广谱消毒药按产品说明书规定浓度对所需的用具、设备，包括饲喂器具、饮水用具、塑料网、竹帘等，进行浸泡或喷雾消毒，然后用2%～3%的烧碱溶液喷洒消毒地面。如果采用地面平养育雏，则在地面干燥后，先铺设5～10厘米厚的垫料，然后消毒。如果采用笼育或网上平养育雏，则应先检修好，然后进行喷雾消毒。消毒时要注意药物的浓度与剂量，药物不要与人的皮肤接触，注意安全。
3 熏蒸消毒
根据鸡场所处的地理环境条件及当地疫病流行情况，选用合适的消毒级别。一级消毒，每立方米空间用甲14毫升，高锰酸钾7克，开水 14毫升;二级消毒，每立方米空间用甲醛28毫升、高锰酸钾14克、开水28毫升;三级消毒，每立方米空间用甲醛42毫升、高锰酸钾21克、开水42毫升。先将水倒入耐腐蚀容器(如陶瓷盘)内，然后加入高锰酸钾，均匀搅拌，再加入福尔马林，人即离开。
注意在熏蒸之前，先把窗口、风机通气口堵严，保持密闭完好，舍内升温至25℃以上，湿度70%以上。熏蒸前，要铺好垫料，所有器具都应放进鸡舍内一同熏蒸。
消毒房舍需封闭24小时以上，如果不急于进雏，则可以待进雏前3～4天打开门窗通风换气，待甲醛气体完全消散后再使用。熏蒸消毒最好在进雏前2周进行。
为了进出鸡舍消毒方便，应在鸡舍门口设立消毒池或铺设消毒脚垫，消毒液一般2天换一次，以使其保持有效杀菌浓度。
