水产养殖动物栖息生活于水中，因此在疾病控制方面有很多不可控制因素，如患病初期难于发现，给药方法及给药剂量有一定局限性，控制难度大等，而养殖过程中疾病的发生会对养殖户经济效益产生很大影响，同时也对水环境造成污染，因此在养殖过程中，防重于治的观点一定要树立。以下从三方面简单概述养殖期间的主要预防措施。
一、改善和优化养殖环境
1、合理用水、科学管水
维护好养殖水环境，保持优良的水质不仅是养殖动物生产的需要，也是养殖动物抵抗病原生物侵扰的需要，科学的用水和管水，就应通过对水质各种参数的监测来了解水质的动态变化，这样便能及时调整和纠正一些不利于水生生物生长和健康的各种因素，一般来说，养殖户应监测的水质指标有水体酸碱度、溶解氧、亚硝酸盐、氨氮、硫化氢、透明度，对于海水养殖还应监测水体盐度的变化，对于养殖水体，pH范围7.5～8.5，溶解氧≥5mg/L，亚硝酸盐＜0.1mg/L，硫化氢＜0.005mg/L，透明度在30cm到40cm之间。
2、合理放养
合理放养包括养殖密度的大小和混养种类的搭配两个方面，只要做到因地制宜的选择合适的配养种类和适当的养殖密度，便能有效的净化水质，增强养殖动物抗病能力，抑制病原微生物的生长繁殖，如在鱼虾池中混养贝类，可利用贝类的滤水作用来抑制浮游生物的过量繁殖。
3、适时适量使用水环境保护剂
适当的使用安全绿色的水环境保护剂，能够改善和优化水环境，并且能促进养殖动物的生长和发育，如定期使用小球藻、绿藻源这种绿色微藻制剂，能够有效的调节水体藻相，不但能净化水质，也能为鱼种提供良好的开口饵料，另外定期使用光合细菌、EM菌类的微生态制剂，不但能起到净化水质的作用，同时能抑制有害菌种的繁殖，减少养殖动物疾病的发生。
二、增强养殖群体的抗病能力
1、放养健壮的鱼苗
放养健壮不携带病原的健康鱼苗是养殖成功的基础，放养鱼苗应选择体色正常，健壮活泼的个体，必要时用显微镜进行镜检确保鱼苗不带有危害严重的病原体，在投喂动物性饵料时应先检测和消毒，并确保鲜活，不投喂变质腐败的饵料。
2、免疫接种
免疫接种是控制水产养殖动物暴发性流行病的有效方法，近年来已陆续有一些疫苗、菌苗应用于预防鱼类的重要流行病，而且国内外都有相关机构在研究探索免疫接种的最佳方法和途径，相信在不就的将来，免疫接种技术将成熟广泛的应用于水产养殖中。
3、降低应激反应
对于养殖动物，凡是偏离其正常生长范围的异常因素，均能引起应激反应，如水污染、投喂不科学、暴雨、高稳、缺氧等，养殖动物产生应激反应，便会是机体的抗病能力降低，因此会为一些病原微生物创造条件，使其侵袭养殖动物，爆发疾病，因此应人为的降低应激反应的产生，在日常养殖中严格及控制水质，投喂时适当添加维生素类，如解毒应激灵、汉宝多维等，来降低养殖动物发生应激的几率。
三、控制和及时消灭病原体
1、考察养殖水源
水系统是疾病病源传播和扩散的第一途径，在养殖场选址前，就应对水源进行周密的考察，优良的水源应是充足、清洁、无人为污染的水源，水的物理和化学特性应适合水生动物的生长需求。水系统应有独立的进水和排水系统，有条件可以建立蓄水池，这样在进水前对水进行沉淀和消毒处理，就能防止病原从水中带入。
2、彻底清淤消毒
池塘清淤消毒是预防疾病和减少流行病暴发的重要环节，清淤后可用甲可净进行消毒，每亩水体200g，解毒3～5天后进水，再进行肥水。
3、建立隔离制度
建立严格的隔离措施，能有效防止病情的传播、蔓延。对已发病的池塘或地区及时进行封闭，不转移，不排放池水，使用工具应当用浓度较大漂白粉或高锰酸钾等进行消毒，或在强光下晒干；及时清除死亡个体，并对其进行合理处理，及时掩埋或销毁，切勿丢弃；对发病池周围的进水、排水口均进行消毒处理。
4、实施消毒措施
消毒措施包括给苗种消毒，养殖用工具消毒，鲜活饵料消毒、食场消毒。苗种消毒可用强碘稀释20倍后或10～20mg/L高锰酸钾进行药浴10min左右，药浴的时间和浓度根据不同养殖品种，不同个体大小和水温灵活掌握；养殖中常用的工具如网具、塑料和木质工具等在疾病流行季节也是病原传播的媒介，因此在操作时应各池工具分开放置，定期进行消毒处理；投喂的饲料对于鲜活饵料在投喂前也应进行消毒，再用清水冲洗干净后再投喂；定点投喂的食场及附近常有残饵剩余，时间过久或是在高温季节为病原菌的繁殖提供有利场所，很容易引起养殖动物的细菌感染，因此在疾病流行季节，应每隔1至2周对食场及附近进行消毒。
