(一)宏观观察时的注意事项
在疾病诊断的整个过程中，宏观调查工作是很重要的一个组成部分，水产动物疾病的体表症状，有许多疾病是非常相似或相同的，特别是在用肉眼观察时，有时很难加以辨别，因此详情地了解发病的全过程，了解当地疾病的流行情况、养殖管理上各环节，以及曾经采用过的防治措施，然后加以综合的分析，将有助于对体表及内脏检查，从而得到比较准确的诊断。但是调查并不容易，必须有的放矢地反复进行，所提的问题要明确，为了弄清楚曾经采取过的防治措施，往往需要实地看一看曾经用过的药物是否和群众提供的情况相符，药物是否失效，剂量是否准确；同样的，为了弄清发病水域的环境因子，必须实地看一看水质条件，了解排注水的情况等。同时对调查的各种情况做好详细的记录，以便总结和进行综合分析。
调查工作往往不是一问就成的，有时需反复多次。有些问题在开始时没有发现，而在对病体进行检查之后又会产生一些问题，这时就必须再向养殖者作进一步调查。在实地进行诊断时，为了使诊断工作做到准确而迅速，调查访问和病体检查常常需交替进行，而不是调查访问全部完成之后再进行微观观察，也不是全部检查完病体之后再去调查访问。如果等全部调查工作做好之后，再去进行病体检查，就会耽误时间，尤其是夏天，送检的病体应抓紧时间检查。如果拖延时间，天气炎热，病体可能死亡、变质或腐烂，就无法供检查使用了。在这种情况下就应先进行检查，或在检查的同时向养殖者提问。也有这样的情况，在病体检查中，发现不了什么问题，而主要需依靠调查访问来进行诊断。如夏花鱼种的跑马病就是如此，因为这种病是由于缺乏适口饲料而引起的，做鱼体检查时，找不出发病的原因，这就需要通过调查访问来进行确诊。当然也有些病，一经检查或调查就可以作出初步诊断，如青鱼因吃了沾毒的螺蛳而引起大量死亡的病例，这种病例表现为吃螺蛳的水产动物大量的突然死亡，经解剖后可以发现消化道充血发炎，且在消化道内有许多螺蛳壳，这说明在死亡前不久，鱼还是健康的，曾经有大量进食，食欲旺盛，这就不是一般的消化道疾病引起的死亡。如果突然出现大量水产动物死亡，且是耐药性差的动物先死，这就可能是水中有毒造成的，原因不外乎水突然被污染，或池中有有毒藻类大量生长，或水温过高、水中缺氧、池底腐殖质中的有毒物质大量产生并泛起等；对此可以进一步作实地考察，弄明死亡原因。如果池中的鱼还在继续死亡，还可以用一些健康的、但对毒物比较敏感的鱼类(如团头鲂、白鲢等)用网箱养入池中，观察它们的情况，如发现它们表现出不安，蹿跳，甚至横卧、死亡等情况出现时，即可判断为中毒；必要时还需进行水质、底质化验，检查池中浮游生物等作出确诊。
(二)微观观察时的注意事项
首先，送检的病体必须是病情较重、症状典型，或濒临死亡的个体，刚死不久的个体也可用作检查的对象；但死亡过久，或病体已经腐烂的个体则不能作为检查对象。为了做到这一点，检查工作最好是在现场进行。当然渔民从外地送来，尽管病体已死亡，还是应尽量作检查，如确实无法检查时，应向渔民讲明情况，请他设法再送病体来，如病情急、路又远，这时应随渔民出诊检查。
其次，病体检查时，最好多检查几条。一般说来，被检查的个体数越多，诊断越准确。如果是混养的池塘，还应该对不同种类的病体一一做检查，不能以某一种水产动物的病体来代替另一种水产动物的病体。即使都是鱼类，也不能以这种鱼的发病个体的检查来代替其他种鱼类的发病个体的检查；即使是同一种鱼类。由于个体大小和年龄不同，发病的情况也可能是不一样的。如遇在成鱼塘中套养鱼种的池塘，就应该既检查大鱼的病体，也同时检查小鱼的病体，从而保证检查结果的正确、全面。
病体检查离不开解剖工作。解剖时要十分细致，解剖工具必须清洗干净，不能粘有药物；每一病体及每一器官用的解剖工具都必须洗净，以免将一个病体或器官上的病原体带到另一个病体或器官上。解剖内脏时要当心，不要剪破内脏，尤其是消化道内的脏物不能污染其他脏器。
检查体表和鳃时用自来水或井水，不要用池塘里的水，因池水中有很多浮游生物，初学者容易将浮游生物与寄生虫混淆；检查内脏时用生理盐水。用作镜检时都要先在干净的载玻片上加上一滴自来水或生理盐水，然后剪取少量组织，或刮取少量黏液，盖上盖玻片进行镜检，制成的片子一定要薄而透光，鳃丝应一根根分开。
如果经过病体检查和调查，发现病体同时被几种寄生虫寄生或同时患几种疾病时，都应记录在案，如治疗方法不同，则应找出危害程度严重、病情发展急剧的疾病，首先进行治疗。
