网箱设置水域的选择以及网箱设置的密度和排列方式，直接关系到网箱内鱼类的生长状况。应当从水域水质优劣、天然饵料供应情况、水温和管理条件等因素综合考虑确定。
1.网箱设置水域的选择
应当综合考虑下列因素：
①利用天然饵料饲养鲢鱼、鳙鱼的网箱，应选择靠近居民点和附近农田多的水域，以保证水质较肥沃、天然饵料(浮游生物)较丰富。
②选择避风、向阳、水面宽阔、日照条件较好的场所。这样的水域水温较高，有利于鱼类生长，还可避免大风浪和汛期洪水危害网箱。
③避开主要航道。在坝前、闸口、主河道以及流速超过0.1米/秒的水域，都不宜设置网箱。设置网箱水域的深度，以水库最低水位时水深不少于3米为宜。网箱底部距库底要有一定的高度，以防网箱搁浅。
2.网箱的排列方式
网箱最好采用“品”字形或梅花形排列，这样网箱之间能错开位置，有利于鱼类生长。网箱的间距应尽可能大，最好在20米以上。大型水库若选用串联式网箱，每组串联不要超过6个，两组间距不得少于500米。此外，还要考虑网箱设置的密度问题，若网箱设置密度过大，天然饵料供不应求，鱼类生长会受到抑制；若网箱设置密度过小，则不能充分发挥水域的生产潜力。设置网箱时应因地制宜，灵活掌握。
