重金属离子是生物体内不可缺少的物质，但是其含量超过一定限度时，又会对生物体产生毒害作用。对虾的卵及幼体对某些重金属离子尤为敏感，在对虾育苗中常由于水质受污染而影响育苗效果。另外，海水中的敌害和致病菌也是影响幼体成活率的重要因素。如水体中的桡足类（新氏歪鳔水蚤、双刺唇角鳔水蚤等）每天可掠食20多个对虾无节幼体；蟹的大眼幼体、糠虾、夜光虫、球栉水母、幼鱼等都是对虾幼体的天敌。还有海水中的丝状细菌、霉菌、弧菌、纤毛虫等致病菌都可侵害对虾的卵及幼体，造成幼体患病、大量死亡。因此，育苗用水的处理是对虾育苗预防疾病措施中的重要环节，一定要做好。
具体方法：
（1）消除水中重金属离子：育苗水源中重金属含量超过安全浓度时，应根据其含量的多少，施用3～10ppm的乙二胺四乙酸钠（ＥＤＴＡ二钠）或乙二胺四乙酸（ＥＰＴＡ）以鳌合过量的重金属离子。
（2）杀灭水中对虾幼体敌害生物：
①用网过滤海水：这种方法能除去海水中的敌害生物且方法简便、成本低，但不能消除水中的致病细菌和纤毛虫类。滤水一般在育苗前期用孔径80微米左右的150目筛子，筛到糠虾幼体后改用80目筛子滤子。
②砂滤池滤水：由于砂层的截当作用、沉淀作用及凝聚作用，特别是凝聚作用形成过滤膜，能阻止微生物、微细土砂及有机碎屑通过。但由于被滤下的有机物质的分解会产生有害物质从而影响幼体培育，故需经常进行反冲洗涤砂层，保持砂层清洁。
③化学消毒法：这种方法最彻底，但成本高，方法之一是向育苗用水中加入120～150ppm含有效氯8～10％的次氯酸钠溶液消毒，12小时后再加入硫代硫酸钠消除余氯，但由于硫代硫酸钠会消耗水中的氧，故除氯后必须充分地向水中充气才可使用。
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