合理用药首先在于正确地选择药物，对虾病害防治中供选择的药物种类繁多，选用药物是直接与虾病斗争中的重要武器。因此，只有对症下药才能收到预期的效果。在选择虾病治疗药物时，首先要区分虾病的类型。
虾病大致可分为生物性与非生物性两大类，前者为传染性虾病，也是目前生产上流行最广、危害最大的一类，前面已做过详细论述。
在选择虾病预防药物时，由于难以发现可能出现的虾病类别或者病原体的种类，因而增加了选择药物的难度。在选择药物时，应掌握具体问题具体对待的原则。虾病不外乎是环境压力、病原体影响和对虾体质条件强弱这三者关系的结果，即人们所说的致病三因素。药物防病的原理在于利用药物控制病原生物，改善环境条件，防止虾病发生。因此，在选择防病药物时，根据要达到预防的目的，确定选择哪一类或哪一种药物。例如，如果要消除虾池底泥中的硫化氢毒害或降低水体中氨氮浓度、达到改善环境的目的，则以选择硅酸铁、沸石粉、白云石粉或者用一些氧化剂效果较好；如果以杀灭或抑制病原微生物为目的，则以选择漂白粉、二氧化氯、二氯异氰尿酸钠或其他一些消毒剂效果较好；同样，若要杀灭或抑制虾体的病原细菌，则以使用无毒的过锰酸钾为宜。
但是，在选择虾病防治药物时，只考虑药物的疗效是不全面的。一些药物，像福尔马林、硫酸铜、抗生素，虽然有较好的疗效，但对虾类也有较大的毒副作用。长期使用会造成环境污染及其他不良后果，是慎用药物。另外，考虑到虾病防治一般用药量较大，成本较高，在选用药物时还应掌握可行性原则。
