蓝藻的危害蓝藻可以改变膨压，在高温强光照的天气，它会聚集在水体表层吸收大部分阳光，大量繁殖并抑制其它藻类生长。同时，在繁殖过程中，蓝藻会不断地向水体分泌有毒代谢物质，影响浮游生物的种群演替、繁殖周期，还会引起一些浮游动物的大量死亡。
蓝藻颗粒很难被鱼、虾类消化。蓝藻通过种间竞争大量繁殖，逐渐成为绝对优势种群，但随后而来的种内斗争又会使其自身大面积死亡，导致水体生产力锐减，溶氧供应严重不足。同时，蓝藻死亡分解也会消耗大量的溶氧，释放大量羟胺、硫化氢等有毒物质。在严重缺氧和有毒物质存在的条件下，鱼虾生存困难，大量死亡。
如何降低甚至消灭蓝藻的危害？
1、物理方法
（1）彻底清塘消毒、加注不带蓝藻的新鲜水
由于蓝藻比其它藻类更具竞争力，因此控制措施以预防为主、防重于治。彻底清塘消毒可有效杀灭蓝藻，降低藻种数量，避免大规模爆发。避免随加水带入蓝藻，对控制也有积极意义。
（2）定期更换新鲜水
对于含有较多蓝藻的池塘，经常、大量地换新鲜水，可稀释蓝藻的浓度，同时也可稀释蓝藻分泌的藻蓝素等有毒物质的浓度，促进其它藻类的生长，保持整个生态系统的动态平衡。
（3）人工捞除
对于面积不大的养殖池塘，人工捞除是个有效的处理措施。具体措施是：用一根竹竿或者塑料管将蓝藻围到一个小角落，然后用密网将蓝藻捞除，降低蓝藻老化后对水体带来的危害。
2、化学方法
（1)铜制剂
蓝藻比其它藻类对铜离子更敏感，因此铜制剂常用作抑藻、杀藻剂。传统使用的铜制剂是晶体CuSO4。CuSO4的药效持续时间短，且易受水质碱度及水中可溶性有机物、腐殖质及藻类自身释放的多肽等因素影响，故使用时需连续施加。但高浓度的铜离子会引发浮游植物大量死亡，使水体严重缺氧。过多过量铜制剂的使用还会引起对虾蓄积性中毒，造成其肝、肾组织损害，影响生长；同时，过多过量铜制剂的使用还会腐蚀虾的鳃丝，形成黑鳃等疾病。因此，CuSO4不能经常使用，使用时需严格控制浓度。要注意在傍晚使用硫酸铜，迎下风口泼洒，使用时需停止增氧机，使硫酸铜停留在表面，增加表层浓度，从而有效杀灭蓝藻。
为减轻铜离子对水生动物的影响，铜离子需制成铜基化合物，一般是用铜与三乙醇胺制作。其作用原理是铜离子从铜基化合物中缓慢释放到水体中并维持一段时间的浓度作用，从而抑制蓝藻的生长和大量繁殖，目前市场上已有络合铜成品出售。
(2)茶麸
在蓝藻爆发初期，茶麸作为一种蓝藻抑制剂更多的应用是在对虾养殖的水体中，因为茶麸含有茶皂素，对以血红蛋白为氧载体的水产动物毒害较大，而对以血蓝蛋白为氧载体的对虾影响不大，因此只要控制好用量，便可起到抑制蓝藻生长的作用，同时对对虾也不会产生毒害。
(3)选择性施肥
低氮磷比，有利于蓝藻进行固氮作用，高氮磷比则有利于绿藻繁殖。国外一些学者认为，氮磷比接近或等于16:1时，能有效控制固氮蓝藻的爆发。同时，我们的技术服务人员也在工作实践中发现，在杀完蓝藻后，少量多次的补充磷肥也可减少蓝藻爆发。
3、生物方法
（1）放养一定数量的滤食性鱼类。
虽然蓝藻不易被消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，因此放养一定数量的滤食性鱼类有助于延缓、阻碍蓝藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢、白鲫等。实践表明，尾重200g以上的白鲢对蓝藻具有明显的抑制作用，当白鲢总量达到100Kg/亩时，蓝藻基本不会爆发。
（2）经常性的使用高质量的微生态制剂。
在蓝藻尚未大规模爆发阶段，各位养殖户朋友可经常性的使用高质量的微生态制剂。蓝藻的爆发往往是由于水体的低N/P、富营养化所致，因此需首先使用芽孢杆菌、乳酸菌等降解池塘水体过多的有机质，然后于次日使用光合细菌来转化过多的小分子类营养物质。这些微生态制剂和蓝藻竞争生态空间，可以稳定水体，促进绿藻等有益藻类的生长。
（3）引进优良藻类抑制蓝藻生长。
调整水体的氮磷比也可以改善藻类的种群结构。当氮磷比值为2时，蓝藻会大量繁殖，当氮磷比值提高到5时，绿藻便会成为优势种群。
4、综合防治
单一使用一种方法很难完全杀灭或控制蓝藻，多种方法的联合使用则可使蓝藻的浓度处于一个低水平的动态平衡中，有效防止蓝藻的过度繁殖，避免蓝藻大量死亡后对水体产生破坏性影响。蓝藻的防治应按照“以防为主，防重于治，多管齐下，综合治理”的方针，从问题的源头着手治理才能取得良好的防治效果。
