1、提高水产动物的生长性能
1)促进肠道有益菌的增殖，抑制病原菌和腐败菌，使它们产生的毒素如胺、氨、吲哚等有毒有害代谢产物大量减少，减少动物疾病及腹泻等的发生率；
2)促进肠道组织变厚增生、重量增加，肠绒毛高度增加，肠壁黏膜变薄，从而增强消化功能，更好地消化吸收营养物质；
3)促进矿物质元素的吸收，如壳寡糖发酵产生的酸性物质能吸附钙化合物使其溶解性增加，从而导致钙吸收能力增强；
4)生产营养物质，壳寡糖能够被双歧杆菌在肠道分解乳糖，并且可以经双歧杆菌进一步合成各种维生素和各种氢基酸。
2、影响鱼类的肠道微生物
大量的研究证实，鱼类肠道内存在着正常的细菌群落，正常菌群在宿主体内生存和增殖，对维持宿主组织器官的正常结构和功能具有十分重要的作用，壳寡糖类物质被认为是重要的肠道功能调节刺，能改善动物消化道微生物区系，促进消化道有益菌的生长，抑制有害微生物的繁殖。
此外，壳寡糖还可以作为病原菌的竞争排斥因子，为病原菌提供丰富的附着点，以此来吸附细菌，使病原菌无法结合到动物肠壁上，由于壳寡糖不被消化酶降解，携带附着的病菌通过肠道，细菌得不到生长所需的养分而失去致病能力。
3、影响鱼类的血液生化指标水平
1)壳寡糖能够降低血清中甘油三酯和胆固醇浓度，进而改善脂类代谢；
2)壳寡糖能够降低血液中的尿素氮水平，提高蛋白质沉积率，降低尿素在肾脏中的沉积，从而减少肾脏尿素中毒的可能性；
3)壳寡糖的添加还对血液中的免疫球蛋白(IgG、IgM等)、生长激素(GH)、谷草转氨酶(AST)、谷丙转氨酶(ALT)等都有一定的影响。
4、增强水产动物的免疫功能
1)壳寡糖本身具有一定的免疫原性，能够刺激机体免疫应答；
2)壳寡糖分子与肠道内有害微生物的肠内皮细胞上受体的结构相似，因此能与一定的毒素、病毒和真菌细胞的表面结合而作为这些外源抗原的佐剂，减缓抗原的吸收，增加抗原的效价，从而增强动物体的细胞和体液免疫反应；
3)肝脏能够分泌一种与寡糖结合的糖蛋白，这种蛋白质能与细菌夹膜相粘接并触发一连串的补体，从而启动免疫系统产生应答反应。壳寡糖能够刺激肝脏分泌寡糖结合蛋白，因此影响免疫功能；
4)壳寡糖可促进有益菌如双歧杆菌等的大量增殖，研究表明双歧杆菌可以提高机体的抗体水平，激活巨嗜细胞的吞噬活性，从而影响机体的免疫功能。
5、改善水产动物的养殖用水
1)壳寡糖的氨基和羟基能够与养殖废水中的金属离子形成螯合配位体；
2)壳寡糖具有很强的亲水性，可以在酸性介质中膨胀形成粘稠状的胶体，吸附养殖用水的悬浮物，使其沉淀，从而净化了养殖用水。
3)壳寡糖可以有效的吸附或者捕集溶液中的金属离子，也能够吸附悬浮物和过剩的有机物，并且不会对水产养殖对象产生任何毒害作用。
