日本医蛭的形态特征体狭长，略呈圆柱状，背肢稍扁平。前端钝圆,在正常体态时头部宽度小于最大体宽，中段稍后最为粗大。体长30～60亳米（个别最大的长达83毫米)，体宽4.0～8.5毫米，尾吸盘直径4.0～5.5毫米。背面有5条黄白色的纵纹，以中间一条最宽和最长。黄白色纵纹又将灰绿底色分隔成6道纵纹,以背中两条最宽阔，背侧两对较细。由于背中一对灰绿纵纹的内侧缘有密集的黑褐色斑点相衬托，故而较明显。灰绿色纵纹在每节中环上较宽且色淡,因此看上去似由断续的棒状纹组成。体背側缘及腹面均为黄白色，而在腹側缘又各有一条很细的灰绿色纵纹。身体共有103环（亦有少2环的），第6/7和8/9环沟在腹面消失，使之成为两环，前一环构成前吸盘的后缘。眼5对,大而明显，在节n～背侧排列成弧形，前3对各占1环，第3、4对相隔1环，第4、5对相隔2环。体表感觉乳突很微小，腹面的更为低平，背、腹各有3列大多数分布在各节的中环上，故该环称作感觉环。生殖带不明显，共占据15环（即第26～40环)。雄性和雌性生殖孔均内陷，分别位于节XI和1，即第31/32和36/37的环沟上或在其前环的后缘，彼此相间5环。阴茎细长，在固定标本上常常从雄孔中露出。肛门在第103环背中。尾吸盘碗状,朝向腹面，其背面有延伸的体背条纹。
口孔很大，口底有新月形的颚3枚，背中及两侧各一枚，其游离的角质纵嵴上各有一列锐利的细齿，齿数为55～67个。咽部有6条内纵褶,背中及腹侧各一对，其前端又同颚的内基相合并。在咽头和食道外侧有发达的唾液腺。嗉襄具有简单的侧盲囊11对，位于节X～XIX之内，前2对最小，仅囊壁突出些，后面的依次增大。每对侧盲襄又分为一对大的初生侧盲囊和一对小的次生侧盲囊。最后一对侧盲囊既宽又长，向后伸。精巢11对，分别位于节通～]01。精巢由输精小管通到位于腹神经索两側的两条输精管上。输精管由后向前平
行延伸而进入贮精囊的前部内侧，再由贮精囊至射精球。
由射精球向里伸出射精管并在第30环处汇人精管膨腔基部，这一部分的膨腔壁上有疏松的前列腺并且较粗大。精管膨腔呈梨形,向后较窄并通过弯向腹面的阴茎囊在
腹神经索左侧开口向外。卵巢一对位
于节双后侧并被包在卵巢囊
内。从两卵巢中伸出的输卵管
在腹中汇合成总输卵管,
是右侧一根穿过腹神经索的下
方而与左侧一根汇合。总输卵
管外包有蛋白腺，并在后面与
狭长的阴道囊相通。阴道囊在
前面
(
第36/37环沟）腹
壁开口向外。
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