真菌病在对虾育苗过程中极其常见，传染性极强。一旦幼体感染了病害，通常在48小时内，造成90％以上幼体感染死亡。对虾育苗过程中经常出现的真菌性疾病主要有链壶菌和离壶菌两种。对于此类疾病，目前主要采取的方法为：
一、预防方法：
1．雌虾产卵后，第二天早上尽早移走雌虾，在产卵池中加入80ppb氟乐灵，并经常性搅动受精卵。
2．受精卵完全孵化成无节幼体后，当天下午5—6点把无节幼体移入育苗池，进行培育，同时在育苗池中加入80ppb氟乐灵。
二、治疗方法：如发现有蚤状幼体或糠虾幼体有真菌感染造成死亡现象，便采取以下措施治疗，每天向育苗池中加入三次氟乐灵，8小时一次，每次量为20ppb，连续3—5天，直到该病完全痊愈为止，仔虾出现该病，治疗时间长达7—8天。
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