裸藻大量繁殖的池塘，在当前养殖模式与养殖环境评估中，可以判断水体属于比较清瘦的，因为它抑制了其他有益藻类的生长，使得水体清瘦。裸藻水华的调控方法主要分三类。一是生物方法：移植水葫芦、水浮莲（草鱼池）等适量水生植物；或者培养其他藻类，让藻像复杂不单一；较为经济的方法是混养鲢、鳙、罗非等滤食性鱼类，一般每亩放50-150尾；还有就是投放生物制剂。二是物理方法：经常换水，保持水质清新；每天中午开2小时增氧机（12:00-13:00），增加水体交换；使用絮凝剂（如北京鑫洋水产高新技术有限公司生产的“增氧低保净”，一般使用一次，严重时连用2-3次），使用后注意解毒培水；也可进行人工捞取，但是劳动强度较大。三是化学方法：调节水体pH，利用裸藻对pH敏感的特点调节裸藻生长；调节盐度，裸藻大部分生长在淡水中，可在裸藻集中区域泼洒粗盐（8-10斤/亩）进行抑杀，前提是必须使用过絮凝剂絮凝；使用消毒剂或灭藻剂在裸藻集中区域泼洒杀灭。化学方法虽然快速，但千万不可在裸藻衰败期使用，以免造成人为倒藻、泛塘。
裸藻水华倒藻后根据程度不同可分为三期，处置方法也各有差异。
一期表现是：水色变化不大，只是在下风处有绿色或褐色藻沫，是少量裸藻死亡的结果，水质指标无变化，基本正常，鱼虾摄食、生长正常。处置方法是：补充有益藻类，调整藻类比例，补施有利于绿藻生长的专用肥，加大增氧机的开机时间，密切监测藻类的生长状态。
二期表现是：水色变化仍不大，只是颜色发暗，下风处藻沫很多，氨氮、亚硝态氮略有升高，水质混浊，悬浮有机质多，镜观裸藻活力差，有死体，鱼虾摄食差，但大部分仍能抢食，部分呈浮头状，散布于全池，无围增氧机现象。处置方法：停止投喂，投放增氧剂，使用解毒药解毒，待鱼虾好转，投施一次消毒剂，控制细菌数量，之后3天，可重新调整生态系统。
三期表现是：水色变化很大，由蓝绿色或红褐色变为灰绿色或灰褐色，下风处藻沫很多，面积很大，腥臭味很浓，悬浮的有机质很多，水质混浊似稀粥状，鱼虾基本不摄食，多在水面，呈浮头状，死亡增多。处置方法：到了三期已经处于晚期阶段，无法进行用药，最好的办法是过塘、拉网、卖鱼。
