1.放养前处理：鱼种放养前应对养殖水面进行清洒，清洒时，用EM复合菌兑水50-100倍直接泼洒凶猛性鱼类或野杂鱼的产卵场，破坏其繁殖生长环境，控制其群体数量。
2.用EM复合菌发酵饲料饲喂也可参照四大家鱼饲料处理的方法。
3.用海绵等蜂窝状的物体在红糖和EM复合菌的混合液（10倍）左右中浸泡2小时，再悬挂在网箱中间，通过鱼儿的游动使EM复合菌不断地扩散，EM复合菌悬挂物7天左右更换1次，可以改善网箱的水体环境。
4.特种水产（对虾、甲鱼．鳗鱼．桂鱼）应用EM复合菌的方法环境处理：在池塘放水前1周用100-300倍的EM复合菌代替石灰及漂白粉等均匀喷洒净化环境。放养前3-6天，用水产专用型EM复合菌稀释液泼洒水面，浓度为1ppm，水质较差的地方应适当缩短泼洒时间。
调节水质的方法：
鳗池：1天2次高密度换水的水池，就不宜直接均匀泼入，而应波在增氧机边或进水口，通过机器和水的作用使EM复合菌微生物不断流动扩散，以利在最短时间内分解有害物质、下脚料和达到尽快稳定水质。海水养鳗则直接在每次换水后泼洒EM复合菌稀释液。浓度同上；若为甲鱼、对虾等一般月泼洒稀释液2～3次，发病季节适当增加用量。
鱼饲料的加工把EM复合菌加清水兑成100倍稀释液以后与粉状的饲料一起搅拌均匀，成团状饲喂、水分含量约在40－55％（水分多少随饲料的干湿程度而定）。
投喂新鲜动物性饲料的甲鱼池可先把饲喂料铰碎后与人工配合饲料、EM复合菌100倍稀释液一起搅拌均匀饲喂。附：拌料法------主要原料为颗粒（或粉状）饲料各种动物性饵料等，比例为250公斤饲料加0.5公斤EM复合菌和0.5公斤红糖，先用少量温水融化红糖待水温降至常温后再倒入EM复合菌和25-50公斤水（原料的5%-10％左右）用喷雾器或吸壶与原料喷匀直接投喂。（注1ppm代表的浓度为1mg/L）。食台处理每次投饲前要检查食台，用2-5倍的EM复合菌稀释液净化食台、清扫食台残饲。
饲料加工处的处理用200-500倍的EM复合菌稀释液均匀喷洒和清洗搅拌机等工具及地面、四周墙壁以保证饵料卫生。
保鲜
在水产品的保鲜水槽里每隔1-2天喷洒一次500倍的水产专用型EM复合菌稀释液，可有效延长水产活鲜期和保持皮色（鱼鳞）光洁喜人。
注意事项
①要使EM复合菌在水产养殖上取得明显成效应连续配套使用。即在用EM复合菌制作各种饲喂料的同时。按要求用EM复合菌稀释液喷洒干池和水面。
②不能与各种抗生素药物同时混用，尤其是特种水产养殖，如果混用容易造成池水变臭，出现这种情况，要立即换水，再按技术要求用EM复合菌饲料投喂和稀释液喷洒。
