鱼病的生态预防是一种利用鱼类和养殖水体的生态学原理预防鱼病的方法。它是一种按照鱼类的生态习性和养殖水体的生态环境特点，根据鱼病产生和发展的规律性，进行防止鱼病的产生，控制鱼病的发展，直到消灭鱼病的方法。它是现代学原理和传统养鱼方法的有机统一。目前，在水产养殖过程中，滥用药物的现象日趋严重，水产品中的药物残留超标严重影响了水产品质量。用生态方法调整、改善、保护鱼类生活的环境，控制、消灭病原；利用生物药剂合理调整水体环境，可达到生态环保的目的，也是现代绿色养殖及环保的需要。
1、改良品种
根据不同品种鱼的生态特点，利用现代生物技术，进行种质改良，选择抗病力强的优良品种作为主要养殖品种。通过对抗病性强的鱼品种进行选择、鉴定、繁育和推广，才能获得大量的抗病力强的品种，通过改变鱼本身的抗病性能达到预防鱼病：（1）选育自然免疫的鱼类品种；（2）利用原系亲鱼繁殖，避免近亲繁殖引起的种质退化；（3）利用免疫的遗传性原理，采用鱼类种间杂交，培育抗病力强的新品种。
2、改良水体环境
（1）改良底质，冬季干塘捕捞后，排干塘水，结合维修塘堤，清淤、铲除塘边杂草、进行晒塘处理。在开春投放鱼苗前10天左右，用生石灰（每亩150～200公斤）清塘消毒。精养池塘应年年清淤消毒。
（2）改良水质：改造进排水系统。把面积小的池塘尽可能改造成面积较大的池塘；做到进排水系统分开，避免“老水”回灌。采用水泵、增氧机等为鱼池灌水增氧；用生石灰清塘，定期用生石灰化浆全池泼洒。利用光合细菌、硝化细菌及复合微生物在水中增氧及分解有机物等来调节水质。
3、改进投喂管理
按常规“四定”投饵，根据鱼类营养要求和摄食特点，积极推广应用成本低廉、高效优质、对鱼类生态环境无污染的全价营养配合饵料。实行“两头精，中间青”，在鱼病的发病高峰期，应以投喂精饲料为主，辅以青饲料，防止鱼发生肠炎病。
4、提高施肥技术
适时少施、勤施，还应根据水温和水质的变化规律，适应鱼类对水质的要求，做到有机肥和无机肥相结合的施肥方法，春秋两季多施有机肥，夏季多施无机肥。无机肥要氮、磷、钾相结合。
5、合理的混养
增加吃食鱼、杂食性鱼的饲养比例，以清除残留饲料，净化水质。如在以养草鱼为主的成鱼塘中混养罗非鱼，利用其食性杂、耐低氧、适应性强的特点提高草鱼成活率及成鱼产量。对某一水域，由于长期养殖一固定品种，易患同种鱼病，如及时更换不同的品种，也减少了这种鱼病发生的机会。
6、改革养殖制度，调整生产周期。如改鱼种春放为秋放或冬放，改放小规格鱼种为放大规格鱼种等，提高鱼种抗病能力和避开发病高峰期。
7、工具消毒
养鱼的各种工具、网具往往成为传播疾病的媒介，而往往又被人们忽视。一般网具可用10毫克/升硫酸铜溶液浸洗20分钟，晒干后使用；木制或塑料用具可用5%漂白粉溶液消毒后，在清水中洗净再用。
8、药物保持生态环境
生态防病并不排斥必要的药物治疗，但首先要以防为主。一旦暴发大面积鱼病，还应采取相应的药物治疗措施，以免造成更大的损失。
