在蔬菜生产中施用有机肥，既可实现持续供应作物根层多种养分需求的目的，又可逐步提升菜地土壤的有机质与缓冲性能，并可减轻土传病害和重茬障碍等多方面的重要作用。所以，蔬菜生产从来都重视有机肥的施用。但是，在现代集约型高产高效优质蔬菜产业发展中，除了继续保持有机肥的投入以外，同时还有化肥的大量投入和大水大肥的交互投入。为了蔬菜生产的可持续发展，有必要对新形势下有机肥施用的问题与科学策略做出新的评价。
当前菜地有机肥施用中所存在的问题其一，施用的数量大，养分投入过量，尤其氮、磷投入过量，致使局部地区已出现环境问题。例如，由于粪尿类、食品加工残渣类有机肥都有含盐量较高的特点，所以有机肥过量施用可能会导致土壤盐分累积。
其二，有机肥种类单一，多为鸡粪猪粪等畜禽粪尿类。以鸡粪为例，含氮、磷养分较多，而碳氮比很低，这对土壤结构的调节功能是不足的。
其三，施用的安全性。例如，垃圾类有机肥中常含有重金属及放射性物质等污染物；动物粪尿类有机肥，由于饲料添加剂的残留也会有一定含量的重金属，如锌、铜、砷等；此外，秸秆类有机肥中往往还含某些病原微生物，如有害病菌和虫卵等。从市场调查中还发现，有的商贩为了使有机肥体积膨大，在粪尿肥中加入碱，这些碱性过强的有机肥会影响蔬菜生长等。一旦将这些问题有机肥施用到菜地，可能导致蔬菜产品中有害成分超标，构成对食品及环境安全的威胁。
菜田有机肥合理施用对策其一，蔬菜生产中的施肥策略以有机无机相结合的原则，有机肥的施用量要合理，而不要多多益善。首先掌握所施有机肥的养分含量，充分估算其对作物所供应的氮、磷、钾养分数量，要扣除有机肥所能提供的养分数量后，不足的部分再施用化学肥料补充，但是当前生产实践中，菜农往往不算有机肥养分只算化肥养分，而导致普遍存在着过量施肥的问题。
关于有机无机的适当配比：以满足蔬菜作物周年所需氮素的供应量为例，有的国家提出，来自有机肥中的氮素比例占50%-60%为宜。联合国粮农组织曾推荐，按照有机氮与无机氮之比为1∶（0.4-1），并以此确定有机肥与化肥的施用量。
其二，针对菜地土壤的质量特征选择不同种类有机肥，新菜田应选用化学养分高、速效的发酵有机肥，如粪尿、绿肥、饼肥；老菜田应选用含秸秆丰富，经过堆沤发酵的缓效有机肥。有些连作障碍严重的老菜田采用秸秆生物反应堆技术效果很好，就是利用秸秆改善土壤物理性状，又补充了充足的碳源。在有机肥种类中，选用堆肥产品包括粪尿秸秆固体垃圾等,可提高蔬菜作物抗性和促根效应，改良土壤pH和土壤结构，提高土壤有机质数量，钝化菜田重金属活性，减轻重金属污染风险。
其三，有机肥施用时期，总的原则是针对有机肥具有缓效性的特点，将它作基肥或底肥施用，在播种或栽插前施用。不用它作追肥，要用化肥作追肥。
为此要制定合理的基追肥比例，对于高产果菜类作物，适量减少基肥施用量，增加追肥施用量。
最后，控制肥水投入，以便减少菜地的氮、磷养分的累积、淋洗和径流损失，减轻面源污染。
总之，当前蔬菜生产中，要大力宣传有机肥科学施用知识，普及定量施肥的观念；推广有机物料的堆沤发酵技术，帮助菜农无害化用好有机肥，以实现蔬菜生产的高产优质和安全。
