为害最严重的是杂菌污染，常见的杂菌有木霉、绿霉、黄霉、根霉等。防治方法主要有：选用无霉变的材料，培养料要进行堆制发酵并进行灭菌处理，栽培场地要严格消毒，发现有污染的要及时清理出去。适当通风防止温度过高、湿度过大。
平菇栽培还经常出现生理性病害：①小菇部分死亡：小菇太多时，会有部分死亡，主要是营养不足“饥饿”死亡；过早喷水或湿度过高、湿度太大亦会引起小菇死亡。②大脚菇：常常是因为通气不良，二氧化碳浓度过高造成。③幼菇枯萎：主要是培养料过干或空气湿度偏低。
平菇栽培的主要虫害是菇蝇等，一般按防治杂菌的方法能较好地防治菇蝇等害虫。同时，在搬动过程中尽量防止塑料袋破损。
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