金针菇只长菌柄不长菌盖，俗名金针菇丛枝病，或针尖菇，这是一种非侵染性的生理病害。当栽培袋或菌瓶由菌丝生长转到子实体形成阶段时，出现菇蕾丛生，只长菌柄不形成菌盖，菌柄伸长到一定长度时，顶端产生分枝，小分枝生长一定时间后又产生分枝，小分枝越长越细弱并下垂，形成一丛似披发状的菌丝，完全不像正常生长的子实体菌柄向上生长，顶端膨大后形成菌盖。其菌盖停滞在原基发育时的幼小形态，其直径约为1-2毫米。整丛菇体呈胡须状，单个菇体短而尖细，无菌盖，中下部稍粗一些，形似针头。子实体生长受到严重抑制，几乎无产量。
其发病的病因：
这是由于菇场通风不良，二氧化碳浓度过高，湿度过大、会抑制菌盖的生长所致，此病害多见于环境空气不流通的防空洞、地道等种植场所内。袋栽或瓶栽金针菇，当菌丝生长到一定阶段转向子实体形成时，即原基出现后，应保持适当通风和给予一定的光线刺激，并降低菇房湿度，这一阶段如果在瓶口、袋口内外的二氧化碳气体浓度积累过高，氧气不足和缺乏弱光刺激，加上湿度过大，导致子实体畸形生长，只长菌柄不形成菌盖，并在顶端不断产生分枝。
防治方法：
出菇场所要具备良好的通风条件。瓶栽金针菇在子实体原基形成后，首先要进行3-5天的幼菇成形培养，然后再套袋长菇。套袋后每天要上下提动袋子换气1-2次。袋栽金针菇，在子实体生长前期，要立即加强通风，降低二氧化碳浓度。可把覆盖物掀开，使菌袋内保持足够的新鲜空气，以促进菌盖的分化和菌柄的增粗。待菌盖发育正常后再按商品菇的栽培管理方法管理。一旦发现菇蕾生长不正常、菌柄顶端产生分叉并下垂时，要及时清除，重新创造有利于子实体形成的环境条件，仍可正常生长。
