病害尤以绿色木霉为害损失最大。培养料被污染后，菌落初期为白色棉絮状，无固定形状，然后从菌落中心到边缘逐渐变成浅绿色，菌落累积沉淀后转为深绿色，向外逐渐变浅，边缘呈白色，并出现粉状物。木霉菌丝接触寄主菌丝后，能把寄主的菌丝缠绕，切断，还与平菇争夺基质养分，在高温高湿环境下，料面上形成大片绿色霉层，分泌的毒素能抑制平菇菌丝生长。子实体受到侵染后，先在菌柄一侧出现微褐色水渍状病斑，然后扩展到菌盖上，出现小褐斑，病斑扩大出现霉层，平菇菌丝无法逾越，进而使培养基变质，发软发臭，严重时整个子实体腐烂导致整床腐烂，大幅减产。为了减少杂菌对平菇侵染的损失，在对应措施上，要抓好以预防为主的综合防治：
预防病菌入侵：选用抗病平菇菌种，特别是抗绿色木霉的品种；净化菇房环境，使菇房保持低温、低湿、低二氧化碳，让空气流通、保鲜。尽可能创造20-25℃、湿度为60%的生存空间；搞好菇房消毒，可用10公斤清水，加15克来苏尔或甲醛溶液喷雾，熏蒸1天菇房。
生料的处理：用500公斤生料，配250毫升惠满丰或庄福星活性液肥，兑清水拌和，拌和后的生料：未发现生料感病；菌丝生长快，铺得厚，色泽白；袋料出菇后，子实体饱满，含水量高，不易被风吹干；出菇时平菇个体坚韧，不易破碎，商品率高。用100公斤生料，加克霉灵80克拌和，或用50%多菌灵或甲基托布津兑水拌和。
已感病病灶：对已感病的病灶要喷药灭菌：⑴用5%石炭酸液或75%百菌清可湿性粉剂1000-1500倍液喷施。⑵用50克克霉灵溶液，加水10公斤喷施。⑶用生石灰90克，多菌灵10克，兑水3-4公斤，灌刷被感病的病部。
虫害
引起杂菌感染的重要环境因子是温度和湿度。平菇菌丝生长的温度范围对所有霉菌也都适合，只是霉菌最合适的温度和湿度略高些，因此，在菌丝培养阶段，稍微疏忽温度上升至28-30℃以上，如果湿度也大，杂菌就猖獗起来。而且虫卵也纷纷孵化，螨类也随之而来，病虫害一旦蔓延之后就难以驱除，另外，平菇对敌敌畏极为敏感，低浓度的敌敌畏都会致使小菇蕾枯死。一旦发生，则采用生态防治、生物防治和化学防治三者结合的综合措施来控制蔓延。
控制主要的环境因子：针对温度、湿度是引起病虫害的主要原因，所以栽培过程中要采取相应预防措施：温度：根据各气候条件，掌握各地区各品种的安全播种季节。如果人工控温下栽培时，室温不宜超过22℃。料温不超过25℃。湿度：培养料含水量控制在60-65%之间。菌丝生长阶段的空气相对湿度控制在70%左右。
杂菌的预防：培养料要新鲜，无霉烂变质，配料前先暴晒1-2天。每次栽培前培养室及用具都要清洗、熏蒸。生料栽培时，培养料尽量少加或不加有机氮源和糖类物质。菌种量要大，加速菌丝生长速度，优先占领养料，即制其它杂菌繁殖。注意防鼠堵塞鼠洞。
常见杂菌及其防治：栽培平菇时常见的杂菌有木霉、青霉、曲霉、脉孢霉、根霉、枝孢霉、粘菌、鬼伞类以及酵母等。在开放式栽培中，发现杂菌可用石灰粉遮盖污染部位；封闭式栽培中可用注射器或滴管将杀菌药液按比例稀释后注射或谪到污染部位。常见的杀菌剂有高锰酸钾1000倍液、甲基托布津1000倍液；多菌灵（含量50%）1000倍液，含量25%的500倍液等。
虫害防治：平菇栽培时常见的害虫有：线虫、螨类、蚋、鼠、蚁、蛞蝓、蜗牛、马陆、果蝇、菇蚊等。药剂防治可用2.5%溴氰菊脂乳剂2500倍液喷雾；用灯光和糖醋液诱杀蝇类；骨头烤香诱杀螨、蚁类；用盐杀蜗牛、蛞蝓等。
