黄瓜嫁接口腐烂一般是由病毒侵害造成的。侵染黄瓜地上部茎蔓以及嫁接口的病害主要有根腐病、蔓枯病、枯萎病、疫病、菌核病等。黄瓜茎基部被侵害后，主要表现为两种特征：
一、水浸状、软化缢缩，严重者表皮完好，内部腐烂发臭，微管束不变色，多发生于嫁接口附近。
二、侵染嫁接口，流出琥珀色或者白色胶状物。第一种情况主要病因为疫病，可用喷雾与灌根结合防治。可选药剂：科博、甲霜铜、百菌通等，另外要混掺细菌性药剂。第二种情况主要是蔓枯病、枯萎病侵染所致。蔓枯病流白胶，枯萎病通常出现琥珀色胶状物。蔓枯病可选药剂：百可得、咪鲜胺、福星、三唑酮等药剂；枯萎病防治主要采取灌根方式，可选药剂：双效灵、增效多菌灵、甲基立枯磷、农抗120、高锰酸钾等药剂。
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