菇棚消毒后，把接过种的料袋搬运至菇棚内，进行堆垛发菌。堆垛的层次，要因气温高低而定，夏秋气温高时，堆放2-4层，料袋堆成“#”字形，交叉排放，便于散热，并留出入行道；春冬气温低时，菌床应铺上一层稻草或麦秸，堆放10—12层，上面再覆盖塑料薄膜或草帘保温，以提高堆温，促进菌丝生长。
发菌管理的要点是：
一是保持温度，定期在料袋间插温度计，注意堆温变化。发菌温度以25℃—30℃为好，高于30℃时，应及时散堆，加大通风量，防止高温烧坏菌丝，温度低于20℃时，应设法增温保温。
二是通风换气：菇棚每天通风2—3次，每次30分钟，气温高时早晚通风，气温低时中午通风。
三是保持干燥，菇棚内空气相对湿度以60％—70％为好。
四是光线要暗，弱光有利于菌丝生长。
五是翻堆。堆垛后每隔5—7天翻垛1次，将下层料袋往上垛，上层的往下垛，里往外，外往里垛，使受温一致，发菌整齐。
六是通气补氧。采用两头扎口封闭式发菌，在发菌早期，袋内含氧量可以满足菌丝生长的需要，随着菌丝生长量增大，袋内含氧量不足，就会影响菌丝正常生长。
当接种后10－15天，袋两头菌丝各长进料内2－3厘米时，可在菌丝生长线的后部1－2厘米处用大头针围绕菌袋等距离刺孔8－10个，或用削尖的竹筷由袋口往里扎孔3－4个，或将袋两头扎紧的绳稍加松开，利用松绳后袋口薄膜的自然张力，让新鲜空气进入袋内，以通气补氧，促进菌丝健壮生长。
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