一些老菇场由于灭菌消毒不彻底，病害防治不到位，害虫发生严重等原因，产量不断下降，效益降低。应采取有效措施，保证老菇房成功发菌，增加效益。
外围环境消毒清洁菇棚周围环境。粪堆、草堆、垃圾等应清理干净，将杂草一并清除，并喷洒多菌灵等杀菌剂，彻底清洁环境。
棚内消毒用多甲溶液（多菌灵、甲醛、水比例1∶2∶100）对棚内进行地毯式喷洒，墙体、墙角、立柱、通风孔等都应喷到，不留死角。对于土棚，应把内墙面铲去3～5厘米厚再消毒。
晒棚出菇结束后，揭掉遮阳物和棚膜，对可拆的竹木拆掉后用0.1％～0.2％高锰酸钾溶液洗刷干净，利用太阳强光长时间暴晒竹木和菇棚（可雨淋）。10～15天后启用。该项措施能够较彻底杀灭棚内病毒、病菌。
更换架杆棚膜对病害发生严重的菇棚，可拆除上层架杆、塑料膜等物，棚内堆以秸秆杂草，点燃焚烧，将草灰翻入土中，重新架杆覆膜，再配以喷洒药物，杀菌效果很好。靠近村庄、建筑物的菇棚不要采用该法，以免发生火灾。
土壤处理对于必须采用覆土栽培的菇类（双孢蘑菇、鸡腿菇等）和采用覆土方式栽培的菇类（平菇、高温香菇、灵芝等），对覆土材料宜采用暴晒、药物闷堆的方法消毒灭菌。铲去老菇棚内10厘米以上的地表土，更换新土，或对地表土进行与覆土材料相同的处理。
培养料处理适当延长发酵时间，将培养料温度升高到50℃，保持8～10小时，每天翻料打透气孔一次，保持水分适宜。采用颗粒环播法，使菌种尽量避开袋内中心高温，以缩短菌种的复苏时间。做好熟料接种及培养发菌等环境的清洁杀菌。菌袋发菌完成进棚前，配制好3％石灰水溶液盛于大盆等容器，将菌袋逐一浸洗后再进棚。培养料进棚后，密闭菇棚所有门窗及通风口，先用80％敌敌畏1000倍液对菇房喷洒，然后每立方米空间用10毫升甲醛和5克高锰酸钾熏蒸48～72小时，以达到彻底消毒杀虫的目的。
菇棚管理发菌温度采取先高后低的方式管理，即装袋后迅速提升料袋温度，使其达到35～38℃，袋内中心温度升到40℃，维持2天，翻袋透气，稍降5℃左右，再次升温保温在35℃左右，菌种块产生菌膜后逐渐降至室温。结合通风换气，菇棚内要经常喷洒25％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70％甲基硫菌灵1000倍液，或10％石灰水溶液。一些化学气味，如涂料、汽油、煤油等的气味对发菌十分不利，应尽量避开。
防治病虫病害初发即进行彻底处理。对菇蚊、菇蝇、夜蛾等害虫，用4.5％氯氰菊酯1000倍液防治。菇棚门口撒2米以上石灰过道，以防爬虫进入。通风口、门口封挂防虫网，防飞虫进人。发现螨虫后，用菜籽饼、棉籽饼或豆饼制毒饵诱杀。对菇蚊、菇蝇，可以配制糖醋液诱杀，按高度白酒、糖、醋、水1∶2∶3∶4的比例配好后加3～4滴敌敌畏盛于容器，成虫趋味飞入，即被杀死。
