土壤消毒是克服蔬菜连作障碍的重要措施之一，适用方法主要有石灰消毒、高温消毒、热水消毒、太阳能消毒、药物消毒等。
石灰消毒6-8月清除前茬残留物，每亩施生石灰50-100公斤，在垄沟内铺稻草、麦草、玉米秸等秸秆1000-2000公斤，深翻两次将石灰和稻草埋入地下，一般埋入深度为30-40厘米。秸秆尽量短，耕翻后压实，上面覆盖薄膜密闭，防止水分散失和温度降低。从薄膜下灌水，至土壤充分湿润为止，田面不能积水。
高温消毒密闭温室，使20厘米土层温度达40℃维持7天，或者使20厘米土层温度达37℃维持20天，能有效杀灭土壤中的细菌、根结线虫等有害生物。消毒完成后耕翻，耕翻深度以30-40厘米为宜，以防土壤深层生物翻到地表，晾晒3-5天后播种或定植。
太阳能消毒利用反光板的反射作用，将阳光反射或折射到地面上，以提高土壤温度。在棚内设反光板可以使地表土壤温度达50℃，使地下20厘米处的温度达15-20℃，这样能消灭大量病菌、害虫（卵）等。
热水消毒利用高温土壤热水消毒机产生的热水对土壤消毒，用高精度传感器控制热水温度，用循环泵使水温均匀。用耐高温水管将92℃以上热水输送到需要消毒温室的栽培基质槽或栽培畦，这样可使20厘米土温在2小时左右升至50℃以上，并持续1-2小时。高温热水消毒处理，可杀灭土壤中大量根结线虫。
药剂消毒利用各种化学药剂或生物药剂，通过喷淋、浇灌、拌土、熏蒸等方法消毒土壤。喷淋或浇灌是将药液喷淋于土壤表层或直接灌到土壤中，使药液渗入土壤深层，杀死土中病菌。喷淋和浇灌方法适宜于大田、育苗营养土、温室等。主要药剂有甲醛、波尔多液、二硫氰基甲烷等。甲醛对黑斑病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等有较好防效。波尔多液对黑斑病、灰霉病、锈病、褐斑病、炭疽病等有较好防效。二硫氰基甲烷对蔬菜苗期猝倒病、立枯病、腐霉病以及黄瓜、番茄、茄子、辣椒青枯病有较好防效。毒土法是将药剂按一定比例与土混合配制成毒土施入土中，沟施、穴施和撒施均可。药剂可因地、因作物合理选用。熏蒸法是利用土壤注射器或土壤消毒剂将药剂注入土中，在土表覆盖薄膜等覆盖物，并密闭或半密闭设施，使药物气体在土壤中扩散，杀死病菌。土壤熏蒸后，药物需充分散发才能播种，否则易产生药害。常用的土壤熏蒸消毒剂有溴甲烷、甲醛、氯化苦等。
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