试验表明在碱性土壤条件下直接施用无机盐肥料，如硫酸亚铁、硫酸锰和硫酸锌等几乎收不到应有效果。同时，在碱性土壤条件下，作物很易发生各种生理病害即微量元素缺乏症。那么如何提高碱性土壤的施肥效果，规避作物微量元素缺乏症的发生呢？
多途径增施有机肥料既可通过秸秆还田，或间作绿肥，或果（菜）园覆草等途径增施有机肥料。又可以直接施用经充分腐熟的以人畜粪为主的农家肥料。
科学合理选肥用肥在选肥用肥上，要充分考虑土壤碱性特征，一方面要注意优先使用磷酸二铵或过磷酸钙。因为碱性土壤施用钙镁磷肥或磷矿粉基本无效，而磷酸二铵和过磷酸钙使用效果很好，磷酸二铵呈颗粒状，有利提高土壤有效磷含量；磷含量较高的土壤最好施用过磷酸钙，过磷酸钙中含有一定硫酸，有利土壤有效成分的活化。另一方面又要尽量选用生理酸性氮、钾肥料，如硫酸铵、氯化铵和氯化钾等。还可以适当施用石膏、磷石膏、硫酸亚铁、硫磺粉、酸性风化煤等，但不要施用碱性肥料，如氨水、碳酸氢铵、草木灰等，特别禁忌施用强碱性肥料石灰。
及时补充微量元素碱性土壤极易发生锌、硼、锰、铜、铁等微量元素缺乏症，这是碱性土壤作物高产一大障碍。基施时可将微肥同有机肥料一起腐沤一定时间，以增加微肥的有效性。在微肥不足生长季节发生的缺素症时，应及时用相应的有机螯合肥进行叶面喷施，以减轻生理病害的危害程度。
