随着气温的降低，棚室内地温也将逐日下降，同时各种根部异常也会有不同程度的发生，(以西红柿为例)——枯萎病、根腐病、青枯病和根结线虫是根部比较常见的几种病害。除此之外，蔬菜上发生的多种缺素症和疑难异常情况也都与根系的吸收有关系。
1、青枯病。青枯病发病症状：从外表上看，青枯病最主要的特征就是植株萎蔫。发病后表现为好天的白天顶上部萎蔫，以后下部传染到中间，也有的一侧枝先萎蔫，也有的整株萎蔫。出现萎蔫症状的西红柿，假如削开它的茎基部，可以清晰的看到，里面的维管束已经变成了褐色。正是由于这些维管束遭到了破坏，使养分和水分无法正常向上输送，才会使西红柿出现了萎蔫现象。专家指出，西红柿青枯病如果不能及时治疗，就会在反复萎蔫几次之后，出现死棵，给菜农带来很大的损失。对付西红柿青枯病，最好的办法是使用药剂灌根。
2、枯萎病。发病症状：该病为维管束病害，多在定植后开始表现，发病初期，距地面较近叶片发黄，最后变褐色枯死，枯叶多残留在茎上不脱落；也有发病初期，在茎的一侧叶片发黄，另侧叶片色泽正常；也有个别枝上叶片，半边叶片发黄，另半边叶片正常。发病严重时，病叶由下向上扩展，最后仅残留顶端数叶片外，其余均枯死。发病轻的，只距地面较近叶片黄叶外，其余均正常，开花、结果与健株别无差别。病株根部褐色腐烂或局部坏死。剖视茎基部维管束黄褐色。
该病与西红柿青枯病症状主要区别在于植株得病后叶片枯黄。潮湿时常在茎基部生粉红色霉状物(病菌分生孢子)。
发生发展规律：地温28℃左右时最易发病，土壤含水量高或土壤根结线虫多，由于根部发育不良，造成伤口，有利枯萎病发病。病菌只侵染西红柿，连作地，病菌数量逐年增加，病害发生重。
3、根腐病。发病症状：该病危害茎基或根部。初发病产生褐色斑块，逐渐扩大后凹陷，严重时病斑绕茎基部或根部一周，致使地上部逐渐枯萎。纵剖病部，可见导管为深褐色，后根茎腐烂，不长新根，植株枯死。
发生规律：据有关资料说明，根腐病的病菌随病株残体在土壤中越冬，亦有可能在未充分腐熟的堆肥中越冬，翌年产生大量分子孢子经雨水或灌溉水传播为害，在高温、高湿或地温偏低时利于发病。西红柿定植后如遇地温低、土壤湿度过高，且持续时间长，或连续阴雨大棚内未能及时通风，形成棚内温度高、湿度大，特别是大水漫灌后，通风不及时，会导致该病的发生、流行。
4、根线虫。为害症状：主要发生于西红柿的须根及侧根上，切开根结有很小的乳白色线虫藏于其中，根结上生出的新根会再度染病，并形成根结状肿瘤，发病严重的植株形态矮小，发育不良，甚至早衰枯死。在土温为25-30℃，土壤含水量为40%时，病原线虫发育非常快，10℃以下时，幼虫停止活动。它的分泌物刺激细胞增生，形成根结或瘤状物。土势干燥、土壤质地疏松的日光温室适宜线虫活动，故发病严重；连作发病重。此线虫多分布于蔬菜根部所在区域，在3-10厘米的表土层。
另外，还有蔬菜上的缺素症的表现，其实并不一定就是土壤中缺少这种元素，而是因为土壤板结、土壤酸碱度不适宜、或者是土壤水分供应不均衡等一系列问题引起的根部吸收能力下降导致的。
5、土壤板结导致根部异常。土壤板结，根系不能正常发育——土壤的团粒结构是土壤肥力的重要指标，土壤团粒结构的破坏致使土壤保水、保肥能力及通透性降低，造成土壤板结，处于这种状态的蔬菜根系会因缺氧而导致活力下降。所以说平时农事管理时，避免大水漫灌，尽量采取对土壤通透性影响较小的灌溉方式，如滴灌既科学又节水。如遇到暴雨等大水灌棚时，要及时排水。
建议一般不覆盖地膜的菜田或棚室内，在灌水后要进行划锄，这样既能增加土壤通透性又能减少土壤水分蒸发。
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