一、制种田的选择
选择多年未种过葫芦科、茄科、烟草等作物的田区，前茬适宜的作物是玉米、苜蓿、小麦、豆类等。制种田以肥沃、有机质含量高、pH值呈中性的壤土为宜。制种田应与瓜类作物田相隔500～1000米以上。
二、亲本种子的准备
西瓜杂交制种亲本种子必须是具备原品种（系）特征特性、纯度不低于99.7%、发芽率不低于90%的国标一级的亲本种子。亲本种子分父本和母本种子，父母本种子又分大粒种子、中粒种子、小粒种子。一般母本大粒种子直播每667平方米用量0.3～0.35千克，中粒种子0.2～0.25千克，小粒种子0.1～0.15千克。父本种子一般每667平方米用量20克左右。父本和母本种子配备比例为1∶20。
三、播种
北疆地区春季土壤5厘米地温稳定在15℃以上时播种，约在4月下旬至5月初。父本播种要较母本播种提早7～10天，这样既保证父母本花期相遇，也可对父本进行花期的纯度鉴定。播种株距依品种而定，大果形母本适当稀播，小果形母本适当密播。父本播种要集中在与母本明显区别的田畦中种植，株距20～30厘米。播种一般在浇水后铺好地膜的播种带膜上直播，每穴播1～2粒，播深1.5～2厘米。播种时，要使种子与土壤湿墒充分接触，播种穴口上覆盖细碎的干土。
四、定苗、整枝
播种出苗后当瓜苗长到3～4片真叶时进行定苗，每穴留一株，遇缺苗留双苗。瓜苗长至伸蔓时父本每株留二至三条蔓，其余的侧枝全部抹除干净，同时将枝蔓上的雄花全部保留，便于采花授粉。母本每株留一条主蔓，其余侧枝全部去除，同时将枝蔓上的雄花全部抹除干净，只留雌花进行杂交授粉。当母本雌花子房经过授粉后，果实长至鸡蛋大小时，停止整枝。整枝应在晴天进行，阴雨天操作易使植株伤口侵染病菌。操作时用医用酒精和磷酸三钠将手及用具进行擦洗，可杀灭病菌，防止传播病毒。
五、人工杂交授粉
1.父本纯度鉴定
在父本植株开花期间，认真鉴定父本，将株型不一、叶型不一、子房形态不一的杂株全部拔除，确保父本植株纯正，方可进行杂交授粉。
2.授粉时间
一般在每年6月中旬雌花开放时授粉。雌花开放适宜温度是22～24℃，授粉时间是早上6∶30～11∶00时。雌花开放时间取决于前一天的天气温度，温度高第二天雌花开放早，温度低则第二天雌花开放晚。
3.套帽隔离
西瓜是常异花授粉作物，一般是雌雄同株异花。因此在前一下午对制种区母本进行寻找，凡是雌花花冠呈明显绿黄色且呈现松散状、子房发育的雌蕾即是第二天要开放的雌花，将要开放的雌花用自制的红纸帽套严，便于第二天授粉。对有些年份出现双性花的子房，要在头一天下午将母本子房花冠内的雄蕊去雄后方可套红纸帽。对第二天要开放的父本雄花也要用红纸帽套住。纸帽要套牢，防止风吹掉。
4.雄花采摘
每天清晨6∶30时以前，采摘父本雄花，采摘后将雄花放在密闭的容器内，置放在阴凉处，随时授粉随时应用。注意不要采摘前一天开放过的雄花。
5.人工杂交授粉
杂交西瓜授粉雌花的节位，一般以在第二、三朵雌花上授粉为宜。坐果节位低，果实产籽量低，节位适中果实产籽量高，对节位低的雌花不要授粉。
将采摘好的父本雄花花冠剥开，露出雄蕊，在母本田区找到前一天套帽的母本雌花，将红纸帽脱去，剥开雌花花冠，用雄花花药轻轻均匀地涂抹在雌花的柱头四周，柱头四周涂抹的花粉越多产籽越高，一般一朵雄花可授2～3朵雌花。涂抹后，用提前制作的白纸帽将雌花的花冠及柱头全部套上，同时在授粉雌花果柄部或在雌花相近的节间上用线绳、铁丝等作授粉后的标记，以确保区别是否是杂交授粉的果实。授粉时注意对母本雌花中有双性花或去雄不完全的、前一天未套帽的雌花要将子房去除，不能杂交授粉，以防影响种子质量。杂交授粉的西瓜子房在3～4天后迅速膨大，长至鸡蛋大小时，表明该株果实已坐住，可停止该株授粉。一般每株母本坐一个授粉果，同时将不授粉的果实摘除。
当杂交西瓜制种田母本授粉工作结束后，要立即将整个田区的父本全部铲除干净，严禁父本植株坐果留种，确保育种者的合法权益。
6.对杂交授粉果实作第二次标记
当授粉果实生长发育至碗口大小时，对母本果实翻瓜，以利于果实见光均匀，发育正常，同时认真检查杂交授粉果实，对果实上有授粉标记的，用油漆或记号笔在杂交果实上作二次标记，再次确认是人工杂交授粉的果实。对未有记号标记的“自交果”，或标记不清楚的果实严格摘除，并连同瓜秧一起拔除，确保田区内没有“自交果”。
六、种子采收
当杂交授粉果实已成熟，果实内的种子达到生理和形态完全成熟时，进行采收。
1.采收果实
对制种田区的杂交果依所作的二次记号标记，进行采收。采收时，对果形不一、皮色不一、条纹色不一、形状不一和植株不具备母本特性的果实以及有病腐烂的果实全部清除，严防混杂。对与母本特征特性一致的杂交果实，统一采收、堆放、鉴别、破瓜取种。
2.破瓜取种，适度发酵
将采摘的杂交果实堆放在田间，逐个破开，认真仔细地观察、鉴别每一个果实剖面，对瓤色不一、种子大小、颜色、形状不一的果实进行再一次清理，严防有混杂、变异的果实种子混入。鉴别之后，将一致的杂交果实瓜瓤连同种子一同掏入塑料容器内，使瓜瓤汁连同种子存放在塑料容器或编织袋内，在阴凉环境下进行48小时以内自然发酵。发酵时严禁在炎热高温的阳光下进行，以免影响种子的发芽率。杂交西瓜种子经过自然发酵过程后，能将种子表皮的病菌全部或部分杀死，降低了种子带菌的可能性，同时经过发酵过程，种子和瓜瓤自动分离，利于种子的漂洗。漂洗种子要用自来水、清水，禁止用污水或渠道里的灌溉用水清洗。漂洗种子时，将分离出的瓜瓤、秕籽、杂质全部漂洗干净，将种子表面的粘液用手搓干净，再用清水漂洗干净，将水滤尽。
注意：掏瓜取种、发酵、清洗、晾晒等过程，操作所用器具必须是塑料或木竹瓷制品，严禁使用金属器具，以免污染种子表皮，影响种子外观色泽。
七、种子药物消毒、晾晒
近年来，由于细菌性病害的发生，特别是西瓜果腐病的危害，在国内外瓜界引起极高的重视，种子带菌是一种病菌传播途径，为此，目前国内外瓜类制种新采用了种子药物消毒方法。具体是将消毒液和水以1∶80倍配制，消毒液与湿种子的比例为3∶1。将经过发酵并经清水洗净的种子，用塑料纱网袋或直接倒入盛装消毒液的容器中浸泡15分钟，浸泡时要不停地搅动种子，使种子消毒充分，到时间后将种子捞出乎摊在塑料纱网筛上晾晒，勤翻晒，以利于种子干燥均匀。种子消毒液可重复使用1～2次，但必须在1小时内操作有效。种子消毒过程中，操作人员必须配戴眼镜、胶手套、围裙，防止对人体造成危害。
晾晒种子要放置在用塑料纱网制作的木制筛上，距地面1米处。在炎热的晴天下，晒2～3天，即可将种子晒干至安全水分，达到国标规定8%水分以内。种子干燥后将种子存放在麻袋、布袋或编织袋内，同时将每一包装袋内外均放置标牌，写明品种、袋号、户名、数量、年份，以待交售。种子切勿放置在潮湿的环境中，以免吸潮变质。
注意：晾晒种子时切勿放置在塑料膜、铁器制品和水泥地面上，防止高温爆晒将种子胚烫死烧伤，而致使种子丧失发芽能力。适宜的晾晒物是塑料纱网筛、竹筛、帆布、床单等通气良好的物品。
八、种子检验
瓜类种子检验依GB16715.1瓜类标准执行，它分为田间纯度种植鉴定和室内鉴定二部分。瓜类田间纯度鉴定又分为子房鉴定和果形鉴定。室内鉴定分发芽率、水分、净度检验。西瓜种子国标规定：西瓜杂交种一级纯度不低于98%，二级纯度不低于95%，发芽率不低于90%，水份不高于8%，净度不低于99%。杂交西瓜种子经过鉴定检验，达到国家规定的种子质量标准后，方可分级包装，进入市场销售。
九、制种中易发生的病虫害
病害有：猝倒病、立枯病、炭疽病、霜霉病、枯萎病、细菌性角斑病、白粉病。虫害有：种蝇、金针虫、蝼蛄、蚜虫、白粉虱、红蜘蛛、果蝇、潜叶蝇等。因此在整个制种过程中，要注意不同时期发生的病虫害，勤观察，早发现，早防治，采用生物、物理、化学方法，进行综合防治，确保杂交西瓜制种工作如期全面完成。
