小三毛金藻呈椭圆形或球形，大小为（6～7）微米×（6～11）微米。细胞前端有3根鞭毛，2根长的鞭毛约为细胞长度的1倍半，中间1根短的只有前者的1/4～1/3。近鞭毛基部有1个伸缩泡，2个叶状的金黄色色素体位于细胞两侧，且常偏于细胞前半部。小三毛金藻在池塘中大量繁殖，分泌一种毒素，可使河蟹中毒致死。
小三毛金藻繁殖要求水具有一定的盐度和硬度，因此河蟹发病一般在距海较近的池塘，或在盐碱地建造的蟹池。小金三毛金藻发病主要在早春、晚秋和初冬季节。在池中达不到一定密度时，小三毛金藻对河蟹危害并不明显，但随着池中条件适宜使之大量滋生成为优势种时，密度达到和超过3000万个/升，就会使水呈浓黄褐色。此时，小三毛金藻分泌的毒素，能毒害鱼类和河蟹的呼吸中枢，河蟹中毒后一般逃到水草上或爬上岸。当水中小三毛金藻的密度超过3000万个/升时，水呈浓黄褐色。
防治小三毛金藻，可用硫酸铜全池泼洒，使池水硫酸铜浓度达0.6～1毫克/升，一般经24小时左右可使蟹恢复正常。硫酸铜只能抑制小三毛金藻的繁殖，不能完全杀灭小三毛金藻。注入新水可以降低小三毛金藻在池水中的密度，并降低其毒性。
