近年，随着大众对食品安全问题关注的不断加深，抗生素类药物残留问题愈发受到重视，如何解决抗生素使用过程中残留问题，关乎水产品安全及行业发展。实践表明，微生态制剂在水产养殖动物防病方面具有良好的效果，并且可以有效降低抗生素等药物的耐药性和药物残留问题。其无毒害、无残留等优点，更让其发展成为大趋势，成为广大渔户首选。
一、微生态制剂在水产养殖中的作用：
1、水质改良作用
微生态制剂可快速分散、分布于水体各部位，参与鱼类残饵、粪便及水中有机质的分解，加快水环境改良，抑制水中有害菌群的繁殖生长。通过对水中各类有机物质的分解，有效降低了水中亚硝酸盐、氨氮的总体水平，促进鱼虾类健康生长。
2、改善机体代谢功能
微生态制剂作为饵料添加剂已被广泛使用，其在动物消化道内的繁衍增殖可产生大量动物生长过程中必需的营养物质，如氨基酸、维生素、胆盐等，提高动物体消化吸收效率。此外，许多肠道有益菌所具有的活性较强的淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等可提高饲料转化率，降低养殖饲料系数。
3、抑制病原菌，提高免疫力
微生态制剂所产生的大量有益菌群与病原菌间就生存和繁殖的空间、时间、定居部位以及营养素等展开竞争，有效抑制了病原菌的生存、繁殖、定居以及附着，改善了养殖动物内外生存环境。
二、使用微生态制剂使用注意事项
1、微生态制剂不可与抗生素、消毒杀菌制剂等化学类药物同时使用。抗生素、消毒杀菌制剂等化学类药物能抑制细胞壁及蛋白质合成，有破坏细胞膜的功能，两者使用时应间隔5天以上。
2、把握使用时机，根据池塘水质环境状况合理选择。
例如池塘中仅氨氮超标、亚硝酸盐无超标时，可用“EM冻干粉”配合“光合冻干粉”或芽孢杆菌制剂（乐活、菌乐多）拌水泼洒有效降低氨氮水平；当池塘中氨氮、亚硝酸盐均超标时，则用复合硝化细菌粉加EM冻干粉降解氨氮和亚硝酸盐；当池塘中亚硝酸盐超标、氨氮未超标时，可全池泼洒高效复合硝化细菌降低亚硝酸盐水平。
3、根据菌种不同选择合理的使用方法
芽孢杆菌为好氧菌，使用时应注意开动增氧机；另外，使用芽孢杆菌前用池塘水加少量红糖或葡萄糖，在增氧状态下活化3-4小时后再使用，这样可最大程度提高芽孢杆菌使用效果。
硝化细菌繁殖速度慢，一般使用后5-7天才可看到效果，使用时不可与化学增氧剂同时使用，因为这些物质在水体中分解出氧化性较强的氧原子将杀灭硝化细菌，而硝化细菌在转化过程中是一个耗氧过程，因此在使用时也要注意增氧，因此最好提前一天使用增氧剂。
4、及时补充菌种
投入水中的细菌经过一段时间后会自然消亡，因此应在养殖全过程中及时补充菌种，维持水体中种群优势性，达到定期、连续投放，发挥最佳功效。
5、使用微生态制剂后，若频繁换水会使细菌随换水而损失，故而在使用微生态制剂后如非特别原因应减少换水次数或换水量。
6、树立水质重于养而轻于治的观念。微生态制剂的作用是改良水质，提高养殖动物免疫力，减少疾病发生，但它不能代替药物治病，已发生病害时再使用，只能改善水环境，减轻病害造成的损失。
7、注重微生态制剂使用方法
微生态制剂以晴天、中午投放效果最好，且用量要适当，一般第一次使用时可酌情加量（提高30-50%）使用，随后按照正常用量或减少一定量，每10天左右一次，可保持水质稳定。
定期使用微生态制剂时多种菌制剂交叉、交替使用效果更好，且当水体原生动物（轮虫）、枝角类、桡足类较多时，需先处理原生动物后再使用微生态制剂。
