1.根据症状及流行情况进行初步诊断在根据症状及流行情况进行初步诊断时，必须注意以下区别：
(1)以肠出血为主的草鱼出血病和细菌性肠炎病的区别活检时，前者的肠壁弹性较好，肠腔内黏液较少；病情严重时，肠腔内有大量红细胞及成片脱落的上皮细胞。而后者的肠壁弹性较差，肠腔内黏液较多；病情严重时，肠腔内有大量黏液和坏死脱落的上皮细胞，红细胞较少。
(2)草鱼出血病和细菌性败血症的区别前者主要危害草鱼、青鱼的鱼种；后者则危害团头鲂、鲫、鲢、鳙、鳜、加州鲈、黄鳝、草鱼、白鲳、银鲴、大口鲇等多种淡水鱼，且对鱼种，食用鱼均危害。
2.根据病理变化可做出进一步诊断如患出血病的鱼，小血管壁广泛受损，形成微血栓，同时引起脏器组织梗死样病变；在肝细胞等的胞浆内可以看到嗜酸性包涵体；超薄切片用透射电镜观察，在胞浆内可以看到球形病毒颗粒；血液中红细胞数、血红蛋白量及白细胞数均非常显著地低于健康鱼；白细胞血式小，淋巴细胞百分率十分显著地低于健康鱼，单核细胞百分率则非常显著地高于健康鱼；血清谷丙转氨酶、异柠檬酸脱氢酶、乳酸脱氢酶活性增高；血清乳酸脱氢酶在近阴极处出现第六条区带；血浆总蛋白、血清白蛋白、尿素氮、胆固醇均降低等。
3.免疫学诊断最后确诊需进行免疫学诊断，常用的免疫学诊断方法有：
(1)葡萄球菌A蛋白协同凝集试验杨广智等1991年报道，该方法快速、特异、设备简单，适合基层单位检测。
(2)酶联免疫吸附试验(ELISA法)闵淑琴等1986年报道，该方法灵敏、准确、特异，可用于做早期诊断。该方法的灵敏度至少比不连续对流免疫电泳法(DCIE)高400倍。中国科学院武汉病毒研究所已制成试剂盒，可供早期诊断用。
(3)斑点酶联免疫吸附试验(Dot—ELISA)简称点酶法。邵健忠等1996年报道，该方法操作简便，不需要特殊的酶标仪；灵敏度高，比葡萄球菌A蛋白协同凝集试验的灵敏度高10倍，比常规酶联免疫吸附试验高20倍。在鱼已带毒，但尚未显症时即可检出。可用于早期诊断、检疫和病毒疫苗质量检定，是适合基层单位的快速、准确和易行的检测方法。
(4)逆转录聚合酶联反应(RT—PCR)王铁辉等1997年报道，该方法是检测草鱼出血病灵敏(最小可检测到0.1皮克病毒核酸，1皮克＝1×10-12克)、特异、快速而有效的方法，更适合于大批样本的检测。该法不仅能够检测发病期显症病鱼体内的病毒，而且能够检测发病前期及发病后期外表正常的病毒携带鱼中的病毒，预示可用于草鱼出血病的早期诊断。
(5)免疫过氧化物酶技术刘荭等1995年报道，该方法快速、简便、灵敏度比较高，整个过程只需4-5小时。其特异性能满足早期检测和诊断的目的。
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