在现在这个消毒药被人们普遍关注和重视的时代，种类越来越多，正确使用消毒药才能起到理想的效果。
1.消毒的长期性、制度性
禽类养殖消毒不应是心血来潮，偶尔为之的，而应牢固树立“以防为主，防重于治”的观念，有计划地长期实施定期消毒制度。平时，禽舍、设备用具，要做到一周一消毒，周围环境要半个月一消毒。有疫情威胁时，禽舍、设备用具要二天一消毒，周围环境一周一消毒。只有这样，消毒预防才能取得应有的效果。
2.消毒剂的选择原则
应尽量选择安全、无毒、无残留、广谱、长效、作用迅速、性质稳定、价格便宜的消毒药。在不能满足诸多条件的情况下，要有针对性地选择相对适宜的使用。例如，带禽消毒及饮水消毒时，首先要考虑的是安全、无毒、无残留，然后才是广谱、价格等因素。当疫情发生时，首先考虑的是作用迅速、安全，然后才是价格等因素。
3.现配现用原则
虽然不同消毒药的稳定性及有效寿命长短是不一样的，但为了保证消毒的效果，须配成溶液使用的消毒剂，即使是长效的、稳定的，也要现配现用。
4.交替使用原则
由于不同消毒药的抗菌范围及抗菌效力是不同的，长期单一使用某一种消毒药往往无法有效杀灭各类病原微生物，尤其是禽舍带活体消毒时，受毒害性、腐蚀性、刺激性等因素的限制，许多消毒剂无法应用，只能用一些无害无味、无刺激性的象癸甲溴铵、聚维酮碘等。癸甲溴铵虽然对有囊膜病毒效力强劲，作用迅速，但对无囊膜病毒无效；而聚维酮碘虽然杀灭有囊膜病毒效力不及癸甲溴铵，但能杀灭无囊膜病毒，二者交替使用，灭菌效果大大提高。
5.配比原则
一般情况而言，浓度越高，杀菌效力越强，但成本也会相应提高。因此，在配制消毒药液时，必须对消毒目标及环境情况做综合考虑，选择适宜的配比，既保证达到较好的灭菌效果，又不至于使成本太高。
6.活苗免疫期禁用原则
因为消毒药对活疫苗有杀灭作用，能迅速降低疫苗效价，造成免疫失败。因此，家禽在进行活疫苗免疫的前2d、免疫后5d内，禁止对禽舍内环境及一切物品消毒，禁止对饮用水进行消毒，以保证免疫效果。
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