酸性水环境对许多水产养殖动物的代谢作用不利。pH的变化影响鱼类对氧的利用程度，并降低对低氧条件的耐受力，而且在pH过高或过低时，都将提高其窒息点。在酸性条件下，大多数鱼类对低氧耐力的减弱更为显著。在酸性条件下，鱼类的摄食吸收率降低。pH的变化与水产养殖动物繁殖与发育也有密切关系。很多动物在pH过高或过低时发育都不良，鱼卵在pH低的酸性水中卵膜软化，卵球扁塌失去弹性，易提早破膜，pH大于9.5时卵膜也会提早溶解。pH对微生物也有影响，当水环境pH超过或低于其适宜生长范围时，微生物的生长就会受到抑制，同时，微生物的组成及比例也会发生变化。
pH还通过影响其他的环境因子而间接影响到养殖动物。例如在低pH下，铁和硫化氢的浓度都会增高，而这些成分的毒性又与低pH有协同作用，pH越低，毒性越大；另一方面，高的pH又会增大氨的毒性。另外pH偏离了中件到弱碱性范围而变得过高或过低时，都会抑制植物的光合作用和腐败菌的分解作用；而前者又会影响到水体的氧气状况和养殖动物的呼吸条件，后者会影响到水中有机质的浓度。
pH还严重影响到水体的生产力。首先pH的不适宜会破坏水体生产最重要的物质基础——磷酸盐和无机氮合物的供应。如果水偏碱会形成难溶的磷酸三钙，偏酸又会形成不溶性的磷酸铁和磷酸铝，都会降低肥效；在氮的循环中pH也起重要作用，硝化作用固氮作用都以弱碱性pH7.0～8.5最适宜，遇到酸性或强碱性条件都会受到抑制。其次，pH通过直接影响植物的光合作用和各类微生物的生命活动，从而影响水体的整个物质代谢。
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