因水产养殖动物生活在复杂的水环境中，而水体理化因子如：温度、盐度、酸碱度、氨氮和有机质（包括溶解和非溶解态）的含量，以及生物密度（生物量）等，都是影响药效的重要因素。一般认为，药效随盐度的升高而降低，而随温度的升高而增强。通常温度每升高10℃，药力可提高1倍左右。水体的酸碱度（pH值）对不同药物也有不同的影响。酸性药物、阴离子表面活性剂以及氯霉素、四环素、呋喃类等药物，在碱性水环境中的作用减弱；而碱性药物（如卡那霉素）及阳离子表面活性剂（如新洁尔灭）和磺胺类等，其作用则随水体pH值的升高而升高。又如漂白粉在碱性环境中，由于生成的次氯酸易解离成次氯酸根离子（OCl－），因而作用减弱。除了上述因素外，水体中有机质含量及生物密度也会影响药物效应。有机质的大量出现，通常可减弱多种药物的抗菌效果，尤其是化学消毒剂更为明显。所以，药物的用量应注意以上这些问题。
确定了用药剂量，在计算用药总量时，应根据不同的给药方式分别加以计算，用药剂量是疗效的保证，所以必须计算准确。
外用药应按水的体积计算，以“毫克/升”或“ppm”表示，如1立方米水体含药1克为1ppm，亦即１毫克/升。全池泼洒用药的计算，要求池塘水面积丈量准确，计算平均水深时，总测点应不少于10个，求其平均值。药浴用药的计算，要以药浴容器的容水量为准。
内服药一般是按鱼的体重计算，其前题是要准确掌握被治疗鱼类的存塘量。如50公斤鱼内服痢特灵4.5~7.5克；另一种是按饵料含药量计算，如100公斤饵料添加痢特灵300克，根据鱼摄食量投喂，若按鱼体重的３%投饵，相当于每50公斤鱼投饵痢特灵4.5克；如果按5％投饵，相当于每50公斤鱼投喂痢特灵7.5克。当病势严重时，鱼类的摄食量大减，这时应按实际的摄食率，提高饲料中的含药量。以保证吃食鱼能获得足够的治疗药量。至于使用的疗程多少，则应以病情轻重和病程缓急而定，对于病情重、持续时间长的疾病就有必要使用二至三个疗程，否则治疗不彻底，易于复发，同时也会使病原体产生抗药性。当一种药物未能在一次或一个疗程内治愈时，最好再下一次治疗时改用另一种药物。一般会取得较好的治疗效果。
给药方法，应根据鱼病的种类和药物的性质采用不同的给药方法。外用药一般是主要发挥局部作用，体内用药除驱肠虫药及治疗肠炎药外主要是发挥吸收作用，这是两种不同的给药方法。为提高疗效给药时，应注意以下几点：
泼洒药物时，应先喂食后泼药。所用药物要充分溶解，经稀释后全池均匀泼洒。对不易溶解的药物要充分搅拌，药渣不要投入鱼池中，以避鱼误食中毒。泼洒应先从上风处开始，逐步向下风处顺风泼洒，以增加药液均匀度。泼洒时要注意安全尽量减少药物对人体的伤害。泼洒的时间，要根据天气变化灵活掌握，使其发挥最佳药效。一般应在晴天上午11时前或下午3时后用药，雨天停用，阴天药效较差。夏季高温天气应避开炎热的中午，可在上午９时前或傍晚进行，要注意清晨鱼浮头或浮头刚结束时，不能用药，当然增氧剂除外。
制作内服药饵时，药物与饲料要混和均匀，同时注意药物与饲料添加剂间的相互作用，颗粒加工的大小要适口，喂前应先停喂１次或１天，再投喂药饵。病鱼康复后，投饲量应逐渐增加到常量，避免鱼类病体恢复后出现暴食。
另外，当多种鱼病并发时，应根据病情轻重缓急合理用药，一般先治疗危害较大的疾病；也可混合用药，以增加药效，降低成本。
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