1、帆布箱（袋）运输。黄颡鱼苗种规格在3厘米以上时，苗种的胸鳍和背鳍上的硬刺已长得较为坚硬，因此运输规格在3厘米以上的黄颡鱼苗种时，应特别注意防止帆布箱（袋）被其胸鳍和背鳍上的硬刺扎破，可以采用减少装运密度的方法来防止。
帆布箱（袋）运输的优点是：可以在运输途中进行换水，适合于运程较远、运时较长和大规格鱼种的运输。用帆布箱（袋）进行运输之前，要将帆布箱（袋）认真检查一遍，把破洞或开缝处黏补好后，装入2/3的清水，检查帆布箱（袋）有无破漏。检查好后，保持2/3的清水，随即装入已过数的黄颡鱼苗种，再在帆布箱（袋）上盖上一层网片，防止在运输途中因颠簸使黄颡鱼苗种溢出。
在运输途中应勤观察，如果发现黄颡鱼苗种浮头，则采用击水板击水或加水、换水、充气等办法补充帆布箱（袋）中的溶氧。在帆布箱（袋）内，可加一个大小形状与帆布箱（袋）相同，用苗种网片制成的衬网，在衬网网口的四边和四角，各用一条绳子系在帆布箱（袋）架上，在衬网网底的四角和网底部，应加压砖块等重物，以免在运输途中因车子颠簸，衬网网片浮起损伤黄颡鱼苗种。待到达目的地卸鱼时，将衬网提起，即可将苗种捞出。
利用帆布箱（袋）进行黄颡鱼苗种的运输时，一般运输工具有汽车、火车、大型的客货轮及活水船。
2、橡胶袋充氧封闭式运输。黄颡鱼在达到一定规格后，胸鳍、背鳍硬刺较硬，普通的塑料袋不能作为装运容器。规格在5厘米以上的鱼种，就要用不易破损、难刺破的橡胶袋代替塑料袋进行装运。
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