温室高密度集约化养殖模式已成为当前甲鱼养殖的主要模式之一。这种养殖模式由于采取了人工控温、集中投饵等一系列人为介入的手段，大大缩短了甲鱼的饲养周期，节约饲养成本，养殖生产优势是显而易见的，然而，在这特殊的养殖环境中，包括人工高恒温调控温度、高密度集约化放养数量、相对固定的养殖水体空间、均衡高营养素的人工全价配合饲料等等人为因素的介入改变了甲鱼的自然生活习性，导致其抗病能力的削弱以及池塘水质的污染，加上管理人员的技术水平差异和日常管理措施的精细化程度都会导致在养殖过程中呈现出甲鱼生长速度与甲鱼病害繁多之间的矛盾，尤其在养殖的中后期（养殖时间超过5个月），这一矛盾将更加突出。
在实际的养殖过程中，到了养殖中后期，在同样的池子水体空间中，因甲鱼的个体较大，摄食量和排泄物增多，导致水体的负荷不断加大，甚至超出了水体的实际负荷（降解污染物）能力，如果水体中的污染物（甲鱼排泄的粪便、流失的饲料和残饵等有机物）未能得到及时有效的彻底降解（需要足量的溶氧和足量的具有降解能力的微生物），水质就开始呈恶化态势发展：一方面水体中对甲鱼体质健康不利的因子（氨氮、亚硝酸等）削弱了甲鱼的体质，同时也导致水体中致病病原体大量滋生（如气单胞菌、爱德华氏菌、变形杆菌、产碱杆菌等）。当甲鱼的机体一旦失去抵抗力或抵抗能力降低不足于抵抗病原体的侵害，甲鱼的病害随即发生，这就直接影响了甲鱼的生长速度和成活率。可以说，在养殖的中后期，大多数的病害都是由于养殖环境维持或调控措施存在不足而导致对甲鱼直接致病或某种致病病原体的大量滋生而引起的。常见的病害主要有：甲鱼红脖子病、红底板病、白底板病、穿孔病、疖疮病、腐皮病、生殖器脱落、烂脖子烂爪等。
因此，在温室养殖甲鱼的中后期（5个月后），调控良好的养殖环境（包括：水质、底质、水温、室温、水体中有益生物群的培养等）的管理措施就凸显得重要，关键的管理措施有：减少养殖水体的污染源（减少因投喂方式的缺陷造成的饵料浪费、严格依据甲鱼的数量和重量控制日投饵率）、保证水体有足够的溶解氧、定期排污拔臭、定期进行水体消毒等，要从细微处着手，保证管理措施的到位和有效。同时，甲鱼体质的护理也不可忽视，可适当地给甲鱼饲喂一些清凉解毒、保肝利胆的中药和免疫多糖、电解多维等保健药物，增强甲鱼的免疫能力。尽可能地减少病害发生的机率。
此外，在温室养殖的模式下养殖周期也不宜过长（建议控制在9个月以内），达到一定规格的甲鱼个体，对饲料的利用率也会大大降低（特别是台湾鳖），从而导致饵料系数的增大，养殖成本的提高。所以，建议在温室养殖的甲鱼如果达到上市规格后就应适时出售。
