将药物化为溶液，放于容器中将鱼体浸泡。浸泡时间以鱼体能耐受为宜。即当鱼在药液中有烦躁不安的动态时，应迅速放入大池（连鱼带药液一起倒入池中，不要再转手，以免损伤鱼鳞等体表器官而造成损失）。一般地讲，浸泡时要看水温和溶液浓度。即水温高，药液浓度大，浸泡时间短。水温低，药液浓度低，浸泡时间长。如果在炎热的夏天，或水温较高时，鱼类十分活跃，鱼类越活跃，耗氧越高，体力消耗越大，鱼类越容易死亡，因此消毒动作应十分轻快，不让鱼儿受累，以免造成大批死亡。
最快速最安全的鱼体消毒法是就池消毒，其具体做法是：在池中拉网，将鱼类集中在鱼池一角，以网身囤鱼。鱼类密集后，将已调好的药液倒入囤网内对鱼体浸泡，数分钟后，轻轻放开围网，让鱼回到全池。
为了减少鱼类过度跳跃而耗费体力，在就池消毒的时间选择上，在夏天要注意选择气温低、水温低的时间进行。如夏天的清晨，日出前进行。夏天水温越低，消毒效果越好。鱼活动十分缓慢，受伤的可能性就很少。
在鱼消毒过程中，特别要注意保护鱼鳞，不把鱼鳞弄掉，弄掉了，鱼皮就受到损伤。在鱼鳞被网刮掉的同时，鱼体表面的保护层——黏液也被刮掉，这样，鱼儿很容易被细菌感染，或长水霉菌，或中途死亡，给日后的治疗带来很多困难。因此，在对鱼进行消毒时，要特别注意尽量少折腾，少转容器，密度不要过大，倒鱼动作不要猛，不让鱼儿受伤受累。
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