一、尽快修复水损设施
水灾多对池塘、网箱等养殖设施损毁严重，水灾后，应迅速重筑池堤，修补网箱或网围，尽快恢复养殖生产能力。对因受洪水影响的机电设备，如：增氧机、水泵、照明线路与设施、饲料加工设备、饲料与药物存放设施等，也应尽快维护和保养。尽快利用人工清挖、泥浆泵抽吸等措施清除池塘和主要进排水口的淤泥，恢复正常的池塘和河道功能。
二、水体消毒杀灭病原菌
水灾后的养殖水体因流入大量泥浆、地表有毒有害物质等，水体浑浊，透明度低。为防止灾后疫情暴发与传播，应对养殖水体进行及时的消毒处理，防治细菌病、病毒病的发生与蔓延。水体消毒剂一般有氯制剂、碘制剂、生石灰、醛制剂等。防治细菌病时，氯制剂、生石灰效果明显，防治草鱼鱼种的出血病时，碘制剂、醛制剂效果显著。一般而言，漂白粉按lg/m3剂量全池泼洒；强氯精或二氧化氯等氯制剂按0.l～0.2g/m3全池泼洒；生石灰的使用剂量为20～30g/m3，对改善水质与防治细菌性烂鳃病效果良好。在使用生石灰时，注意水体的pH值，一般高于pH高于8.5时，不建议泼洒生石灰，可用氯制剂。
三、管好水质减少鱼体应激
洪水过后池塘普遍浑浊，水质较差，养殖户可根据所养殖对象不同采取相应措施，改善水质条件，对以养殖鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼等应以肥水为主，对养殖虾、蟹应适当降低水体浑浊度，提高透明度为主。在对池塘等进行消毒处理后5天左右，可以使用光合细菌、枯草芽胞杆菌和硝化细菌等微生态剂，改良池塘水质。水灾过后，鱼体大多还处于应激状态，有资料报道，全池泼洒VC或葡萄糖制剂，可以在一定程度上缓解养殖动物对环境变化产生的应激反应。
