在养殖水产品过程中，多数人重视水质的调节，而忽略了底质的改变。当池塘底质恶化时，由于溶氧低导致长期积累的大量有机物难以分解，或在溶氧低的状态下，分解成大量的有害物质，同时致/细菌、病菌大量滋生，当细菌、病菌达到一定数量时就会引起病害的大面积爆发。
一、水塘底质恶化的因素
1、因苗种成活率[多放苗多投喂]和养殖经验不足，养殖户对投饵量把握不准确，由于长期大量投饵，水产动物没有食用完的残饵，粪便以及死亡的水产品、藻类会大量沉积，造成底层有物厌氧的分解，产生氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有毒有害物质，同时未分解的有机物质随水流重新回到水中，导致水质浑浊，透明度低下。
2、有的养殖户为了追求高产，加大养殖密度，养殖密度过大就必须大量投喂人工饵料，造成饵料及粪便等代谢产物胡增加，导致水质恶化，在增氧设施配置相对不足的情况下，就很容易出现池塘底质恶化情况。
3、水体过瘦时产氧能力差，导致水体缺氧，水过肥在天气变化时，容易造成藻类大量死亡并沉到池底，分解时耗费池底氧气，造成底质恶化。并产生大量有害物质。
4、有些养殖户在养殖过程中，前期由于管理不到位，造成池塘中青苔和藻类的大量滋生，为了控制和抑制藻类及青苔，长期大量使用硫酸铜之类毒性较大的药物，造成药物残留毒素沉积于池底，导致水不易肥，水草生产受阻，水生物肝脏受损。
5、在养殖水产品生产过程中时，根据需要，要经常换注水，如果在换水时外面的农药污染水源再引入池塘，水中的重金属盐等有害物质就会沉降到水底，并持续不断向水中扩散，导致水不易肥，水产品及水草生长受阻，且出现大量死亡，水生物大量死亡后的残骸沉积到水底，导致病菌大量滋生，有害物质增加
二、处理措施
1、坚持每年冬闲时，清塘：消毒，清除池底过多的淤泥，淤泥中含有大量的有机物和对水产品有害的细菌、病菌、寄生虫等，清淤是把池塘底部残留的大量有机物质脱离养殖水体胡最好办法。
2、定期估算水产品的成活率，结合天气及水产品生长情况，灵活控制投喂量，避免饵料的浪费，做到饵料无残留。
3、降低养殖密度加大增氧力度，经常使用缓解增氧颗粒也可达到很好的养殖效果。
4、在需要池塘换水时，因外界原因[农药残留、水体污染]不是很理想的情况下，加强水草养护，给水产品提供良好的生长环境，减少换水量，合理使用药物，在防病、治病时选用残留较少的药物，把药物残留降到最低。
5、定期用微生物制剂和肥水产品进行调水和肥水，经过调水和肥水可分解转化池底的有机物并补充水体的基础营养，防止水体过肥或过瘦使水体保持最佳状态，为池塘减轻、减少最少伤害，给水产品制造一个优良的生态生长环境。
