用于贮藏的番茄应选种子腔小、皮厚、肉致密、干物质和含糖量高、组织保水力强的品种。番茄贮藏3个月含糖量将下降1．2％，而番茄果实的含糖量降低到2％以下，风味明显变淡，食用品质下降。因此，长期贮藏的番茄应选含糖量在3．2％以上的品种。
番茄品种不同，贮藏性和抗病性差异很大，晚熟品种如桔黄佳辰、满丝、苹果青、台湾红、可果美、特罗皮克、强力米寿、矮黄x402F1（苏抗5号）、太原2号（佛罗里达）等适于贮藏。早熟品种以及皮薄的品种不耐贮藏。
番茄原产于热带地区，是冷敏感作物、果实长时间低于8℃会发生冷害，果实局部或全部呈现水浸状凹陷，蒂部开裂，表面出现褐色小圆斑，不能正常完熟，易感病腐烂。番茄的成熟阶段分为：绿熟期、微熟期（转色期至顶红期）、半熟期（半红期）、坚熟期（红而硬）和软熟期（红而软）。鲜食番茄多为半熟期至坚熟期采摘，果实色泽、香气和味道较佳。但果实已转向衰老，不能进行长期贮藏。绿熟至顶红期的果实已充分长大，糖、酸等干物质的积累基本完成，果实健壮，具有一定的耐贮性和抗病性，在贮藏中能后熟转红。长期贮藏的番茄应在绿熟期采收。
