一般认为2％-3％氧气和4％-5％二氧化碳，可以显著地抑制芹菜贮藏过程中叶绿素和蛋白质的降解，有效地保持芹菜的贮藏品质。贮藏温度宜在0-1℃，相对湿度90％-95％。
芹菜收获后及时运到冷藏库，进行加工挑选。剪留2cm左右长根，摘除黄叶，伤叶，将色泽正常健壮植株捆成0.5-1.0kg的小捆，摆放在库内货架上预冷1-2昼夜。当菜温降到0℃时，开始装入聚乙烯薄膜袋，其厚度为0.07-0.08mm，长100-110cm，宽75cm，每袋装13-15kg，松扎袋口。然后将袋子摆放在菜架上，不互相挤压，一般是和蒜薹贮入在同一库号内，库温维持0--1℃。贮至50-60天时抽样检查，发现叶片变黄时，及时加工修整。
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